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- PDB-2azm: Crystal structure of the MDC1 brct repeat in complex with the his... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2azm
タイトルCrystal structure of the MDC1 brct repeat in complex with the histone tail of gamma-H2AX
要素
  • GAMMA-H2AX HISTONE
  • Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / BRCT REPEAT / PROTEIN-PHOSPHOPEPTIDE COMPLEX / DNA DAMAGE (DNA修復)
機能・相同性
機能・相同性情報


XY body / protein localization to site of double-strand break / DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / response to ionizing radiation / site of DNA damage / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Packaging Of Telomere Ends ...XY body / protein localization to site of double-strand break / DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / response to ionizing radiation / site of DNA damage / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / positive regulation of DNA repair / Meiotic synapsis / histone reader activity / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / meiotic cell cycle / DNA複製 / DNA damage checkpoint signaling / PRC2 methylates histones and DNA / condensed nuclear chromosome / male germ cell nucleus / Defective pyroptosis / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / double-strand break repair via homologous recombination / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / cellular response to gamma radiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / cerebral cortex development / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / double-strand break repair / 細胞老化 / ヌクレオソーム / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / site of double-strand break / 染色体 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Processing of DNA double-strand break ends / histone binding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 精子形成 / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / damaged DNA binding / nuclear body / nuclear speck / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / focal adhesion / DNA修復 / 中心体 / DNA damage response / enzyme binding / DNA binding / extracellular exosome / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / BRCT domain / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / BRCT domain profile. / BRCT domain ...Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / BRCT domain / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2AX / Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Clapperton, J.A. / Stucki, M. / Mohammad, D. / Yaffe, M.B. / Jackson, S.P. / Smerdon, S.J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: MDC1 Directly Binds Phosphorylated Histone H2AX to Regulate Cellular Responses to DNA Double-Strand Breaks
著者: Stucki, M. / Clapperton, J.A. / Mohammad, D. / Yaffe, M.B. / Smerdon, S.J. / Jackson, S.P.
履歴
登録2005年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
B: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
C: GAMMA-H2AX HISTONE
D: GAMMA-H2AX HISTONE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2404
ポリマ－48,2404
非ポリマー00
水6,323351
1
A: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
C: GAMMA-H2AX HISTONE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1202
ポリマ－24,1202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9900 Å2
手法PISA
2
B: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
D: GAMMA-H2AX HISTONE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1202
ポリマ－24,1202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.437, 75.609, 114.849
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mediator of DNA damage checkpoint protein 1 / Nuclear factor with BRCT domains 1


分子量: 22884.963 Da / 分子数: 2 / 断片: BRCT REPEAT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDC1 / プラスミド: PGEX4T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q14676
#2: タンパク質・ペプチド GAMMA-H2AX HISTONE / Histone H2AFX


分子量: 1235.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: GAMMA H2AX SYNTHETIC PEPTIDE / 参照: UniProt: P16104*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, NaCl, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 23006 / Num. obs: 23006 / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.41→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 7.155 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2485 1177 5.1 %RANDOM
Rwork0.19058 ---
obs0.1936 21707 98.64 %-
all-23323 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.541 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.99 Å20 Å20 Å2
2---1.57 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3081 0 0 351 3432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3092.0074297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8265394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.65722.713129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.93215.058514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2891528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022406
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21547
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22122
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.82322044
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40633234
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.414.51232
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.69561063
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.471 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 75 -
Rwork0.22 1295 -
obs--82.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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