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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aju | ||||||
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タイトル | Cyrstal structure of cocaine catalytic antibody 7A1 Fab' | ||||||
要素 | (ANTIBODY 7A1 FAB') x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / CATALYTIC Antibody (抗体酵素) / Fab / COCAINE (コカイン) / HYDROLYTIC (加水分解) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, X. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2006 タイトル: Complete reaction cycle of a cocaine catalytic antibody at atomic resolution. 著者: Zhu, X. / Dickerson, T.J. / Rogers, C.J. / Kaufmann, G.F. / Mee, J.M. / McKenzie, K.M. / Janda, K.D. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE The sequence of these proteins are not available at any sequence database at the time of processing. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2aju.cif.gz | 199 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2aju.ent.gz | 158.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2aju.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/2aju ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/2aju | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24059.611 Da / 分子数: 1 / 断片: IMMUNOGLOBULIN IGG1 KAPPA LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS |
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#2: 抗体 | 分子量: 23865.783 Da / 分子数: 1 / 断片: IMMUNOGLOBULIN IGG1 HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q5M842*PLUS |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate, flavin adenine dinucleotide, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月10日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 72464 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.038 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.613 / % possible all: 97.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2AJS 解像度: 1.5→39.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.832 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.575 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.499→1.538 Å / Total num. of bins used: 20 /
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