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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ypz | |||||||||
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タイトル | Immune receptor | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / H2-T22 protein / Beta-2-microglobulin (Β2-ミクログロブリン) / T cell receptor delta / T-cell receptor gamma chain | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / positive regulation of protein binding / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / membrane => GO:0016020 / learning or memory / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / ゴルジ体 / 小胞体 / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Adams, E.J. / Garcia, K.C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2005 タイトル: Structure of a gammadelta T cell receptor in complex with the nonclassical MHC T22. 著者: Adams, E.J. / Chien, Y.H. / Garcia, K.C. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE Chains E,F,G,H have no corresponding entries in the standard databases. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ypz.cif.gz | 329.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ypz.ent.gz | 272.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ypz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/1ypz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/1ypz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 ACBDEGFH
#1: タンパク質 | 分子量: 29919.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: GenBank: 13277891, UniProt: Q9BCZ1*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 12031.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P61769 #3: タンパク質 | 分子量: 22804.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) #4: タンパク質 | 分子量: 26288.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P06334*PLUS |
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-糖 , 3種, 5分子
#5: 多糖 | #6: 多糖 | #7: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % |
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-データ収集
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2977092.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 18.3572 Å2 / ksol: 0.129414 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 103.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.4→3.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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