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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3ibg | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Aspergillus fumigatus Get3 with bound ADP | ||||||
Components | ATPase, subunit of the Get complex | ||||||
Keywords | HYDROLASE / nucleotide binding / deviant Walker A motif | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationGET complex / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / Hydrolases; Acting on acid anhydrides / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / response to metal ion / protein folding chaperone / guanyl-nucleotide exchange factor activity / unfolded protein binding ...GET complex / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / Hydrolases; Acting on acid anhydrides / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / response to metal ion / protein folding chaperone / guanyl-nucleotide exchange factor activity / unfolded protein binding / response to heat / cellular response to oxidative stress / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Suloway, C.J.M. / Chartron, J.W. / Zaslaver, M. / Clemons Jr., W.M. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2009Title: Model for eukaryotic tail-anchored protein binding based on the structure of Get3 Authors: Suloway, C.J. / Chartron, J.W. / Zaslaver, M. / Clemons, W.M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3ibg.cif.gz | 721.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3ibg.ent.gz | 608.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3ibg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3ibg_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3ibg_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | |
| Data in XML | 3ibg_validation.xml.gz | 73 KB | Display | |
| Data in CIF | 3ibg_validation.cif.gz | 89.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/3ibg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/3ibg | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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| Details | The biological unit is a dimer. There are three biological units in the asymmetric unit (chains A & B and chains C & D and chains D & F) |
-
Components
| #1: Protein | Mass: 38517.016 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ADP / Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.36 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.2 M potassium citrate, 16% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
| Diffraction |
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| Diffraction source |
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| Detector |
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| Radiation |
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| Radiation wavelength |
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| Reflection | Redundancy: 7.3 % / Av σ(I) over netI: 7.2 / Number: 118718 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / D res high: 4.499 Å / D res low: 80.927 Å / Num. obs: 16179 / % possible obs: 100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Diffraction reflection shell |
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| Reflection | Resolution: 3.2→65.268 Å / Num. obs: 43190 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 4.9 % / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 10.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Resolution: 3.2→3.37 Å / Redundancy: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.667 / % possible all: 100 |
-Phasing
| Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Phasing set |
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| Phasing MAD set |
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| Phasing MAD set site |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 3.2→65.264 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.1 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.369 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 86.205 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→65.264 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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