PDB-3ibg: Crystal structure of Aspergillus fumigatus Get3 with bound ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ibg

タイトル

Crystal structure of Aspergillus fumigatus Get3 with bound ADP

要素

ATPase, subunit of the Get complex

キーワード

HYDROLASE / nucleotide binding / deviant Walker A motif

機能・相同性

機能・相同性情報

GET complex / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / response to metal ion / protein folding chaperone / guanyl-nucleotide exchange factor activity / unfolded protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus fumigatus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Suloway, C.J.M. / Chartron, J.W. / Zaslaver, M. / Clemons Jr., W.M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Model for eukaryotic tail-anchored protein binding based on the structure of Get3
著者: Suloway, C.J. / Chartron, J.W. / Zaslaver, M. / Clemons, W.M.

履歴

登録	2009年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	3idqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qmu-d 5ogc-d 3zur-2 4x29-d 5bqn-d 2hxf-d 6cqi-d 3zus-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATPase, subunit of the Get complex

B: ATPase, subunit of the Get complex

C: ATPase, subunit of the Get complex

D: ATPase, subunit of the Get complex

E: ATPase, subunit of the Get complex

F: ATPase, subunit of the Get complex

ヘテロ分子

234 kDa, 6 ポリマー
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1

A: ATPase, subunit of the Get complex

B: ATPase, subunit of the Get complex

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: ATPase, subunit of the Get complex

D: ATPase, subunit of the Get complex

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: ATPase, subunit of the Get complex

F: ATPase, subunit of the Get complex

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	67.760, 154.780, 242.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 13:106 or resseq 126:184 or resseq...
2	1	1	chain 'B' and (resseq 13:106 or resseq 126:184 or resseq...
3	1	1	chain 'C' and (resseq 13:106 or resseq 126:184 or resseq...
4	1	1	chain 'D' and (resseq 13:106 or resseq 126:184 or resseq...
5	1	1	chain 'E' and (resseq 13:106 or resseq 126:184 or resseq...
6	1	1	chain 'F' and (resseq 13:106 or resseq 126:184 or resseq...

NCSアンサンブル:

ID
1
and
or
(not
'
element
)

詳細

The biological unit is a dimer. There are three biological units in the asymmetric unit (chains A & B and chains C & D and chains D & F)

#1: タンパク質	ATPase, subunit of the Get complex 分子量: 38517.016 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 遺伝子: AFUA_3G11350 / プラスミド: pET33b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4WY07, EC: 3.6.3.16
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M potassium citrate, 16% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL12-2	1	1
シンクロトロン	SSRL	BL12-2	2	0.97941, 0.97954, 0.91837

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD	2008年12月14日
MARMOSAIC 325 mm CCD	2	CCD	2009年1月12日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	LIQUID N2 COOLED DOUBLE CRYSTAL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LIQUID N2 COOLED DOUBLE CRYSTAL	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.97941	1
3	0.97954	1
4	0.91837	1

Reflection

冗長度: 7.3 % / Av σ(I) over netI: 7.2 / 数: 118718 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_sym value: 0.077 / D res high: 4.499 Å / D res low: 80.927 Å / Num. obs: 16179 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
14.23	80.93	99.6	1	0.041	0.041	6
10.06	14.23	100	1	0.045	0.045	6.9
8.22	10.06	100	1	0.052	0.052	7.1
7.12	8.22	100	1	0.067	0.067	7.3
6.36	7.12	100	1	0.106	0.106	7.4
5.81	6.36	100	1	0.111	0.111	7.4
5.38	5.81	100	1	0.107	0.107	7.4
5.03	5.38	100	1	0.101	0.101	7.5
4.74	5.03	100	1	0.104	0.104	7.5
4.5	4.74	100	1	0.12	0.12	7.5

反射

解像度: 3.2→65.268 Å / Num. obs: 43190 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.9 % / R_sym value: 0.124 / Net I/σ(I): 10.4

反射シェル

解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / R_sym value: 0.667 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
3 wavelength	1	1	0.979	3.7	-10.7
3 wavelength	1	2	0.918	3.4	-1.8
3 wavelength	1	3	0.979	5.7	-8.8

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.964	0.317	0.788	1.667
2	Se	60	0.199	0.171	0.958	1.858
3	Se	60	0.435	0.145	0.931	1.252
4	Se	60	0.21	0.311	0.764	2.484
5	Se	60	0.063	0.579	0.9	1.569
6	Se	60	0.865	0.5	0.732	2.104
7	Se	60	0.087	0.506	0.695	1.859
8	Se	60	0.199	0.341	0.935	0.937
9	Se	60	0.307	0.422	0.781	1.074
10	Se	60	0.355	0.728	0.837	1.504
11	Se	39.762	0.996	0.845	0.933	0.891
12	Se	60	0.277	0.454	0.991	1.436
13	Se	60	0.377	0.972	0.914	1.463
14	Se	60	0.469	0.863	0.969	1.172
15	Se	60	0.233	0.432	0.979	1.653
16	Se	60	0.728	0.954	0.885	1.415
17	Se	60	0.01	0.451	0.026	1.375
18	Se	60	1	0.293	0.992	1.319
19	Se	60	0.618	0.285	0.767	0.983
20	Se	60	0.951	0.476	0.804	1.349
21	Se	60	0.551	0.361	0.778	1.191
22	Se	60	0.771	0.233	0.995	1.503
23	Se	60	0.713	0.527	0.822	1.253
24	Se	57.171	0.198	0.84	0.914	0.738
25	Se	60	0.503	0.47	0.867	1.605
26	Se	60	0.333	0.475	0.897	1.266
27	Se	60	0.372	0.736	0.859	1.003
28	Se	60	0.202	0.706	0.784	1.286
29	Se	60	0.659	0.024	0.908	1.263
30	Se	60	0.01	0.588	0.884	1.665
31	Se	60	0.105	0.394	0.665	1.217
32	Se	60	0.012	0.812	0.936	1.08
33	Se	60	0.815	0.339	0.727	1.558
34	Se	60	0.847	0.921	0.964	0.979
35	Se	60	0.58	0.897	0.89	1.641
36	Se	60	0.505	0.503	0.873	1.436
37	Se	60	0.999	0.412	0.964	1.314
38	Se	60	0.038	0.947	0.902	1.066
39	Se	42.086	0.465	0.885	0.951	1.021
40	Se	60	0.786	0.623	0.874	1.427
41	Se	60	0.472	0.687	0.786	0.928
42	Se	60	0.265	0.889	0.969	1.123
43	Se	60	0.419	0.433	0.949	0.92
44	Se	60	0.678	0.391	0.856	1.133
45	Se	60	0.162	0.707	0.868	1.867
46	Se	60	0.958	0.613	0.813	1.429
47	Se	60	0.206	0.61	0.858	0.955
48	Se	1	0.038	0.511	0.712	0.112
49	Se	1	0.662	0.538	0.74	0.012

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.9	data processing
SOLVE	2.13	位相決定
PHENIX	1.4_62	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.2→65.264 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2513	2197	5.1 %
R_work	0.2119	-	-
obs	0.2139	43100	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.369 Å² / k_sol: 0.332 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86.205 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.197 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-12.357 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→65.264 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14076	0	162	0	14238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	14472
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.038	19536
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.866	5412
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	2268
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2466

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2239	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2239	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.157
1	3	C	2239	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.143
1	4	D	2239	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.141
1	5	E	2239	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.18
1	6	F	2239	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.16

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.3144	0.3556	225	0.3029	4007	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3144-3.4471	0.3254	230	0.2864	4020	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4471-3.604	0.3155	209	0.2596	4053	X-RAY DIFFRACTION	100
3.604-3.794	0.2744	208	0.2297	4041	X-RAY DIFFRACTION	100
3.794-4.0316	0.2537	219	0.2163	4045	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0316-4.3429	0.2325	209	0.1952	4078	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3429-4.7798	0.2214	199	0.1667	4095	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7798-5.4711	0.2177	229	0.1673	4103	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4711-6.8918	0.2265	216	0.1927	4162	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8918-65.2777	0.2188	253	0.2013	4299	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0683	-3.5911	1.0935	4.4913	1.8089	6.4202	0.0548	-0.6792	0.2676	-1.2457	-0.0626	-0.2995	0.0505	1.5727	-0.0908	0.6507	0.3639	0.1336	0.6203	-0.0152	0.6446	29.3829	-66.9689	116.103
2	1.4255	-0.5125	0.3685	6.8759	0.2646	0.7467	-0.2018	-0.1961	0.1588	0.3934	0.1134	0.1521	0.0774	0.2691	0.1179	0.5678	0.2047	0.0297	0.562	0.0931	0.4945	20.4409	-53.6455	119.5244
3	3.3744	-0.7223	0.7833	8.2316	7.1363	9.5653	0.0162	-0.7803	-0.6736	-0.7996	-1.2687	2.5411	-1.1883	-1.1581	1.0704	0.538	0.438	0.1452	0.7472	-0.0539	0.6582	7.3562	-47.4555	122.1489
4	0.0725	0.4279	-0.0354	1.0819	-0.5028	0.1049	-0.0766	-0.0392	0.4171	0.4067	0.0482	0.7805	-0.2563	0.1235	-0.0713	0.5904	0.1375	0.0887	0.6257	0.0319	0.8065	11.9614	-40.7615	115.6891
5	-0.7498	-0.3319	-0.1689	6.1337	0.0031	1.6459	-0.0108	0.0498	0.3583	0.1874	-0.2767	-0.5242	-0.0833	0.328	0.2703	0.3498	0.0056	-0.0726	0.3979	0.0651	0.7187	22.8469	-30.7508	111.4476
6	3.1008	-1.0042	0.4672	3.9635	0.7553	1.7487	0.1092	0.3787	0.0405	-0.2955	-0.1171	0.1834	0.1803	0.2027	-0.012	0.5715	0.0906	0.0732	0.4398	0.0456	0.5714	21.1787	-59.8193	105.6865
7	1.9258	-1.5054	1.2022	1.1775	-0.9732	1.3854	0.2436	-0.6177	1.9694	0.3972	-0.7758	0.0947	0.2969	-0.2586	0.7437	1.8698	-0.1668	-0.0201	0.6548	-0.1146	0.9589	9.3309	-78.2557	102.3956
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8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 291:338)	A	291 - 338
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 12:65)	B	12 - 65
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 66:78)	B	66 - 78
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 79:147)	B	79 - 147
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 148:250)	B	148 - 250
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 251:288)	B	251 - 288
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 289:298)	B	289 - 298
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 299:330)	B	299 - 330
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 331:339)	B	331 - 339
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 12:18)	C	12 - 18
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 19:65)	C	19 - 65
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain C and resid 66:81)	C	66 - 81
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain C and resid 82:125)	C	82 - 125
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 126:240)	C	126 - 240
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 241:285)	C	241 - 285
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 286:290)	C	286 - 290
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 291:338)	C	291 - 338
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain D and resid 12:18)	D	12 - 18
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain D and resid 19:70)	D	19 - 70
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain D and resid 71:147)	D	71 - 147
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain D and resid 148:252)	D	148 - 252
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain D and resid 253:282)	D	253 - 282
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain D and resid 283:290)	D	283 - 290
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain D and resid 291:322)	D	291 - 322
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain D and resid 323:338)	D	323 - 338
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain E and resid 13:71)	E	13 - 71
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain E and resid 72:186)	E	72 - 186
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain E and resid 187:194)	E	187 - 194
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain E and resid 195:250)	E	195 - 250
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain E and resid 251:282)	E	251 - 282
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain E and resid 283:290)	E	283 - 290
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain E and resid 291:322)	E	291 - 322
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain E and resid 323:338)	E	323 - 338
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain F and resid 13:65)	F	13 - 65
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45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain F and resid 253:282)	F	253 - 282
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain F and resid 283:290)	F	283 - 290
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain F and resid 291:322)	F	291 - 322
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain F and resid 323:338)	F	323 - 338

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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