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- PDB-1y0m: Crystal structure of of the SH3 domain of phospholipase C Gamma-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y0m
タイトルCrystal structure of of the SH3 domain of phospholipase C Gamma-1
要素1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma 1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / SH3 domain (SH3ドメイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


PECAM1 interactions / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / phosphatidylinositol catabolic process / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / ISG15 antiviral mechanism ...PECAM1 interactions / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / phosphatidylinositol catabolic process / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / ISG15 antiviral mechanism / Generation of second messenger molecules / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / Downstream signal transduction / Signaling by ALK / Role of phospholipids in phagocytosis / inositol trisphosphate biosynthetic process / DAP12 signaling / VEGFR2 mediated cell proliferation / calcium-dependent phospholipase C activity / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / RET signaling / inositol trisphosphate metabolic process / response to curcumin / phosphoinositide phospholipase C / FCERI mediated MAPK activation / response to gravity / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / COP9 signalosome / phospholipase C activity / neurotrophin TRKA receptor binding / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / phosphatidylinositol-mediated signaling / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / クラスリン / positive regulation of epithelial cell migration / glutamate receptor binding / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to epidermal growth factor stimulus / ruffle / response to organonitrogen compound / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cell projection / calcium-mediated signaling / phosphoprotein binding / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / response to hydrogen peroxide / insulin receptor binding / epidermal growth factor receptor signaling pathway / receptor tyrosine kinase binding / ruffle membrane / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / cell-cell junction / 遊走 / lamellipodium / T cell receptor signaling pathway / in utero embryonic development / glutamatergic synapse / calcium ion binding / protein kinase binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. ...1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / C2ドメイン / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2ドメイン / C2 domain profile. / SH3 Domains / PH domain / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / SH2 domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain profile. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / EF-hand domain / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Mariuzza, R. / Sangwoo, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of of the SH3 domain of phospholipase C Gamma-1
著者: Mariuzza, R. / Sangwoo, C.
履歴
登録2004年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1731
ポリマ－7,1731
非ポリマー00
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.748, 30.978, 29.753
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma 1 / Phosphoinositide phospholipase C / PLC-gamma-1 / Phospholipase C-gamma-1 / PLC-II / PLC-148


分子量: 7173.015 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain: sequence database residues 791-851 / 変異: C794S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Plcg1 / プラスミド: PGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10686, phosphoinositide phospholipase C
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 16059 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 2.144
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.181 / Num. unique all: 1302 / Χ2: 2.176 / % possible all: 79

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.395 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.592
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å29.73 Å
Translation3 Å29.73 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.501データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→29.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 0.598 / SU ML: 0.028 / SU R Cruickshank DPI: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.045
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.177 808 5.1 %RANDOM
Rwork0.151 ---
all0.153 ---
obs-15999 96.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.503 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å20 Å20.36 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→29.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数526 0 0 122 648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.015320.022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0024490.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2917141.916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78710593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.459605
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.08690.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0075890.02
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0011140.02
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.222820.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2495170.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0833040.2
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.238780.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.134170.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.232640.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.16390.2
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9643021.5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5264842
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8152303
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7252304.5
X-RAY DIFFRACTIONRIGID-BOND RESTRAINTS (A**2)0.9695322
X-RAY DIFFRACTIONSPHERICITY; FREE ATOMS (A**2)1222.327
X-RAY DIFFRACTIONSPHERICITY; BONDED ATOMS (A**2)5191.94
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.338 48
Rwork0.191 888

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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