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- PDB-1hsq: SOLUTION STRUCTURE OF THE SH3 DOMAIN OF PHOSPHOLIPASE CGAMMA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hsq
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE SH3 DOMAIN OF PHOSPHOLIPASE CGAMMA
要素PHOSPHOLIPASE C-GAMMA (SH3 DOMAIN)
キーワードPHOSPHORIC DIESTER HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Activated NTRK3 signals through PLCG1 / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / calcium-dependent phospholipase C activity / PLC-gamma1 signalling / Role of second messengers in netrin-1 signaling / DAG and IP3 signaling / phosphoinositide phospholipase C / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / phosphatidylinositol metabolic process / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 ...Activated NTRK3 signals through PLCG1 / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / calcium-dependent phospholipase C activity / PLC-gamma1 signalling / Role of second messengers in netrin-1 signaling / DAG and IP3 signaling / phosphoinositide phospholipase C / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / phosphatidylinositol metabolic process / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / COP9 signalosome / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / phospholipase C activity / neurotrophin TRKA receptor binding / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / phospholipid catabolic process / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / PLCG1 events in ERBB2 signaling / Signaling by ALK / phosphatidylinositol-mediated signaling / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / Fc-epsilon receptor signaling pathway / PECAM1 interactions / RET signaling / Generation of second messenger molecules / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Role of phospholipids in phagocytosis / glutamate receptor binding / Signaling by FGFR4 in disease / Signaling by FGFR3 in disease / ruffle / Signaling by FGFR2 in disease / release of sequestered calcium ion into cytosol / Signaling by FGFR1 in disease / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Downstream signal transduction / cellular response to epidermal growth factor stimulus / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / guanyl-nucleotide exchange factor activity / VEGFR2 mediated cell proliferation / cell projection / FCERI mediated MAPK activation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / modulation of chemical synaptic transmission / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / calcium-mediated signaling / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Schaffer collateral - CA1 synapse / Signaling by ERBB2 KD Mutants / receptor tyrosine kinase binding / ISG15 antiviral mechanism / epidermal growth factor receptor signaling pathway / ruffle membrane / positive regulation of angiogenesis / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / DAP12 signaling / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / T cell receptor signaling pathway / in utero embryonic development / calcium ion binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1, SH3 domain / PLCG EF-hand motif 1 / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / PLCG EF-hand motif 2 / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. ...1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1, SH3 domain / PLCG EF-hand motif 1 / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / PLCG EF-hand motif 2 / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / SH3 Domains / PH domain / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / EF-Hand 1, calcium-binding site / SH3-like domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Kohda, D. / Hatanaka, H. / Odaka, M. / Inagaki, F.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1993
タイトル: Solution structure of the SH3 domain of phospholipase C-gamma.
著者: Kohda, D. / Hatanaka, H. / Odaka, M. / Mandiyan, V. / Ullrich, A. / Schlessinger, J. / Inagaki, F.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Solution Structure and Ligand-Binding Site of the C-Terminal SH3 Domain of Grb2
著者: Kohda, D. / Terasawa, H. / Ichikawa, S. / Ogura, K. / Hatanaka, H. / Mandiyan, V. / Ullrich, A. / Schlessinger, J. / Inagaki, F.
履歴
登録1994年6月13日処理サイト: BNL
改定 1.01994年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE C-GAMMA (SH3 DOMAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2491
ポリマ－8,2491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Atom site foot note1: A BETA-BULGE STRUCTURE OCCURS AT LYS 50 - GLN 51 - LEU 52.
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE C-GAMMA (SH3 DOMAIN)


分子量: 8249.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRB2 / 参照: UniProt: P19174, phosphoinositide phospholipase C

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software
名称開発者分類
DSPACENILGES精密化
X-PLORBRUNGER精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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