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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wv1 | ||||||
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タイトル | Crystallographic studies on acyl ureas, a new class of inhibitors of glycogenphosphorylase. Broad specificity of the allosteric site | ||||||
要素 | Glycogen phosphorylase, muscle formグリコーゲンホスホリラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / glycogenolysis (グリコーゲンの分解) / type 2 diabetes (2型糖尿病) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グリコーゲンホスホリラーゼ / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.26 Å | ||||||
データ登録者 | Oikonomakos, N.G. / Kosmopoulou, M.N. / Chrysina, E.D. / Leonidas, D.D. / Klabunde, T. / Wendt, K.U. / Defossa, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005 タイトル: Crystallographic studies on acyl ureas, a new class of glycogen phosphorylase inhibitors, as potential antidiabetic drugs 著者: Oikonomakos, N.G. / Kosmopoulou, M.N. / Chrysina, E.D. / Leonidas, D.D. / Kostas, I.D. / Wendt, K.U. / Klabunde, T. / Defossa, E. #1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2005 タイトル: Acyl ureas as human liver glycogen phosphorylase inhibitors for the treatment of type 2 diabetes 著者: Klabunde, T. / Wendt, U.K. / Kadereit, D. / Brachvogel, V. / Burger, H.J. / Herling, A.W. / Oikonomakos, N.G. / Kosmopoulou, M.N. / Schmoll, D. / Sarubbi, E. / von Roedern, E. / Schonafinger, K. / Defossa, E. #2: ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: The structure of glycogen phosphorylase b with an alkyldihydropyridine-dicarboxylic acid compound, a novel and potent inhibitor 著者: Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G. / Tsitsanou, K.E. / Leonidas, D.D. / Chrysina, E.D. / Skamnaki, V.T. / Bischoff, H. / Goldmann, S. / Watson, K.A. / Johnson, L.N. #3: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999 タイトル: Allosteric inhibition of glycogen phosphorylase a by the potential antidiabetic drug 3-isopropyl 4-(2-chlorophenyl)-1,4-dihydro-1-ethyl-2-methyl-pyridine-3,5,6-tricarbo xylate 著者: Oikonomakos, N.G. / Tsitsanou, K.E. / Zographos, S.E. / Skamnaki, V.T. / Goldmann, S. / Bischoff, H. #4: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004 タイトル: Identification, synthesis, and characterization of new glycogen phosphorylase inhibitors binding to the allosteric AMP site 著者: Kristiansen, M. / Andersen, B. / Iversen, L.F. / Westergaard, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wv1.cif.gz | 176.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wv1.ent.gz | 145.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wv1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/1wv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/1wv1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Dimeric glycogen phosphorylase is the physiologiacally active species |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97291.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Muscle骨格筋 参照: UniProt: P00489, グリコーゲンホスホリラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#3: 化合物 | ChemComp-BN5 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.91 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: small tubes / pH: 6.7 詳細: 10mM Bes buffer, 3mM DDT, pH 6.7, SMALL TUBES, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年4月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.26→29.24 Å / Num. obs: 143690 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.3 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1533 / % possible all: 65.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.26→29.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→29.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.26→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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