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- PDB-1vbe: POLIOVIRUS (TYPE 3, SABIN STRAIN, MUTANT 242-H2) COMPLEXED WITH R78206 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vbe
タイトルPOLIOVIRUS (TYPE 3, SABIN STRAIN, MUTANT 242-H2) COMPLEXED WITH R78206
要素(POLIOVIRUS TYPE ...) x 5
キーワードVIRUS (ウイルス) / VIRUS COAT PROTEIN (カプシド) / HYDROLASE (加水分解酵素) / THIOL PROTEASE (システインプロテアーゼ) / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / DNA複製 / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Few Secondary Structures / イレギュラー / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J78 / ミリスチン酸 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Poliovirus type 3
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Grant, R.A. / Hiremath, C.N. / Filman, D.J. / Syed, R. / Andries, K. / Hogle, J.M.
引用
ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structures of poliovirus complexes with anti-viral drugs: implications for viral stability and drug design.
著者: Grant, R.A. / Hiremath, C.N. / Filman, D.J. / Syed, R. / Andries, K. / Hogle, J.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Binding of the Antiviral Drug Win51711 to the Sabin Strain of Type 3 Poliovirus: Structural Comparison with Drug Binding in Rhinovirus 14
著者: Hiremath, C.N. / Grant, R.A. / Filman, D.J. / Hogle, J.M.
#2: ジャーナル: New Aspects of Positive-Strand RNA Viruses / 年: 1990
タイトル: Role of Conformational Transitions in Poliovirus Assembly and Cell Entry
著者: Hogle, J.M. / Syed, R. / Fricks, C.E. / Icenogle, J.P. / Flore, O. / Filman, D.J.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1989
タイトル: Structural Factors that Control Conformational Transitions and Serotype Specificity in Type 3 Poliovirus
著者: Filman, D.J. / Syed, R. / Chow, M. / Macadam, A.J. / Minor, P.D. / Hogle, J.M.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: Myristylation of Picornavirus Capsid Protein Vp4 and its Structural Significance
著者: Chow, M. / Newman, J.F. / Filman, D. / Hogle, J.M. / Rowlands, D.J. / Brown, F.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1985
タイトル: Three-Dimensional Structure of Poliovirus at 2.9 A Resolution
著者: Hogle, J.M. / Chow, M. / Filman, D.J.
#6: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1983
タイトル: The Nucleotide Sequence of Poliovirus Type 3 Leon 12 A1B: Comparison with Poliovirus Type 1
著者: Stanway, G. / Cann, A.J. / Hauptmann, R. / Hughes, P. / Clarke, L.D. / Mountford, R.C. / Minor, P.D. / Schild, G.C. / Almond, J.W.
履歴
登録1996年1月2日処理サイト: BNL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: POLIOVIRUS TYPE 3
1: POLIOVIRUS TYPE 3
2: POLIOVIRUS TYPE 3
3: POLIOVIRUS TYPE 3
4: POLIOVIRUS TYPE 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9567
ポリマ－97,3445
非ポリマー6122
水0
1
0: POLIOVIRUS TYPE 3
1: POLIOVIRUS TYPE 3
2: POLIOVIRUS TYPE 3
3: POLIOVIRUS TYPE 3
4: POLIOVIRUS TYPE 3
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,877,333420
ポリマ－5,840,622300
非ポリマー36,711120
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
0: POLIOVIRUS TYPE 3
1: POLIOVIRUS TYPE 3
2: POLIOVIRUS TYPE 3
3: POLIOVIRUS TYPE 3
4: POLIOVIRUS TYPE 3
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 490 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)489,77835
ポリマ－486,71825
非ポリマー3,05910
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
0: POLIOVIRUS TYPE 3
1: POLIOVIRUS TYPE 3
2: POLIOVIRUS TYPE 3
3: POLIOVIRUS TYPE 3
4: POLIOVIRUS TYPE 3
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 588 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)587,73342
ポリマ－584,06230
非ポリマー3,67112
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
0: POLIOVIRUS TYPE 3
1: POLIOVIRUS TYPE 3
2: POLIOVIRUS TYPE 3
3: POLIOVIRUS TYPE 3
4: POLIOVIRUS TYPE 3
ヘテロ分子
x 15


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.47 MDa, 75 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,469,333105
ポリマ－1,460,15575
非ポリマー9,17830
水0
タイプ名称対称操作数
transform to crystal frame1
point symmetry operation15
単位格子
Length a, b, c (Å)321.060, 358.620, 381.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)
3generate(-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5)
4generate(-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)
5generate(0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)
6generate(1), (1), (1)
7generate(-0.5, 0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699)
8generate(-0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699)
9generate(0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699)
10generate(0.5, 0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699)
11generate(1), (1), (1)
12generate(0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, -0.80901699, 0.5)
13generate(0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, -0.5, 0.30901699)
14generate(-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, 0.5, -0.30901699)
15generate(-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, -0.5)

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要素

-
POLIOVIRUS TYPE ... , 5種, 5分子 01234

#1: タンパク質・ペプチド POLIOVIRUS TYPE 3


分子量: 446.495 Da / 分子数: 1 / 変異: CHAIN 1, F124L, F134L / 由来タイプ: 天然
詳細: P3/242-H2 DERIVED FROM A LOW-PASSAGE SEED STOCK OF A PLAQUE ISOLATE PROVIDED BY A. MACADAM (NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS CONTROL, LONDON)
由来: (天然) Poliovirus type 3 (strains P3/LEON/37 AND P3/LEON 12A[1]B) (ポリオウイルス)
属: Enterovirusエンテロウイルス / 生物種: Poliovirusポリオウイルス / 株: P3-242-H2
#2: タンパク質 POLIOVIRUS TYPE 3


分子量: 33455.641 Da / 分子数: 1 / 変異: CHAIN 1, F124L, F134L / 由来タイプ: 天然
詳細: P3/242-H2 DERIVED FROM A LOW-PASSAGE SEED STOCK OF A PLAQUE ISOLATE PROVIDED BY A. MACADAM (NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS CONTROL, LONDON)
由来: (天然) Poliovirus type 3 (strains P3/LEON/37 AND P3/LEON 12A[1]B) (ポリオウイルス)
属: Enterovirusエンテロウイルス / 器官: SEED種子 / 生物種: Poliovirusポリオウイルス / 株: P3-242-H2 / 参照: UniProt: P03302
#3: タンパク質 POLIOVIRUS TYPE 3


分子量: 30169.920 Da / 分子数: 1 / 変異: CHAIN 1, F124L, F134L / 由来タイプ: 天然
詳細: P3/242-H2 DERIVED FROM A LOW-PASSAGE SEED STOCK OF A PLAQUE ISOLATE PROVIDED BY A. MACADAM (NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS CONTROL, LONDON)
由来: (天然) Poliovirus type 3 (strains P3/LEON/37 AND P3/LEON 12A[1]B) (ポリオウイルス)
属: Enterovirusエンテロウイルス / 器官: SEED種子 / 生物種: Poliovirusポリオウイルス / 株: P3-242-H2 / 参照: UniProt: P03302
#4: タンパク質 POLIOVIRUS TYPE 3


分子量: 25950.723 Da / 分子数: 1 / 変異: CHAIN 1, F124L, F134L / 由来タイプ: 天然
詳細: P3/242-H2 DERIVED FROM A LOW-PASSAGE SEED STOCK OF A PLAQUE ISOLATE PROVIDED BY A. MACADAM (NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS CONTROL, LONDON)
由来: (天然) Poliovirus type 3 (strains P3/LEON/37 AND P3/LEON 12A[1]B) (ポリオウイルス)
属: Enterovirusエンテロウイルス / 器官: SEED種子 / 生物種: Poliovirusポリオウイルス / 株: P3-242-H2 / 参照: UniProt: P03302
#5: タンパク質 POLIOVIRUS TYPE 3


分子量: 7320.917 Da / 分子数: 1 / 変異: CHAIN 1, F124L, F134L / 由来タイプ: 天然
詳細: P3/242-H2 DERIVED FROM A LOW-PASSAGE SEED STOCK OF A PLAQUE ISOLATE PROVIDED BY A. MACADAM (NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS CONTROL, LONDON)
由来: (天然) Poliovirus type 3 (strains P3/LEON/37 AND P3/LEON 12A[1]B) (ポリオウイルス)
属: Enterovirusエンテロウイルス / 器官: SEED種子 / 生物種: Poliovirusポリオウイルス / 株: P3-242-H2 / 参照: UniProt: P03302

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非ポリマー , 2種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-J78 / (METHYLPYRIDAZINE PIPERIDINE PROPYLOXYPHENYL)ETHYLACETATE / R78206 / 4-[3-[1-(6-メチルピリダジン-3-イル)-4-ピペリジニル]プロポキシ]安息香酸エチル


分子量: 383.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29N3O3
#7: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸 / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2

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詳細

配列の詳細THE APPROPRIATE SEQUENCE FOR THIS VIRUS CORRESPONDS TO THE STANWAY ET AL. REFERENCE ABOVE EXCEPT ...THE APPROPRIATE SEQUENCE FOR THIS VIRUS CORRESPONDS TO THE STANWAY ET AL. REFERENCE ABOVE EXCEPT FOR TWO MUTATIONS. THE FIRST MUTATION IS A PHE-TO-LEU SUBSTITUTION AT RESIDUE 124 OF VP1. THE SECOND MUTATION IS ANOTHER PHE-TO-LEU SUBSTITUTION AT RESIDUE 134 OF VP1. THE NUMBERING OF THE VP1 RESIDUES HAS BEEN ALTERED TO FACILITATE COMPARISON WITH THE STRUCTURE OF THE MAHONEY STRAIN OF TYPE 1 POLIOVIRUS (PDB ENTRY 2PLV). MAHONEY HAS A TWO RESIDUE INSERTION, RELATIVE TO P3/SABIN, LOCATED IN THE DISORDERED N-TERMINUS OF VP1. THUS THE RESIDUES NUMBERED 24 - 302 IN THIS ENTRY ARE ACTUALLY RESIDUES 22 - 300. VP4 HAS A MYRISTATE MOIETY COVALENTLY LINKED TO ITS N-TERMINUS. THIS MYRISTATE HAS BEEN DESIGNATED RESIDUE 1 OF VP4 AND THE AMINO ACID RESIDUES OF VP4 ARE NUMBERED 2 - 69.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 %
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: Filman, D.J., (1989) EMBO, J., 8, 1567.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 161423 / % possible obs: 30 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
Num. measured all: 349922

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR2.1精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.295 / 最高解像度: 2.8 Å
詳細: STEREOCHEMICAL CONSTRAINTS BASED ON PARAM19 AND TOP19 FILES USED IN X-PLOR VERSIONS PREVIOUS TO VERSION 3.1 ATOMIC MODELS FOR THE VIRUS AND THE DRUG WERE BUILT TO FIT ICOSAHEDRALLY ...詳細: STEREOCHEMICAL CONSTRAINTS BASED ON PARAM19 AND TOP19 FILES USED IN X-PLOR VERSIONS PREVIOUS TO VERSION 3.1 ATOMIC MODELS FOR THE VIRUS AND THE DRUG WERE BUILT TO FIT ICOSAHEDRALLY CONSTRAINED 'FO' MAP USING THE GRAPHICS PROGRAM FRODO (JONES, 1978) MODIFIED TO INCORPORATE T = 1 ICOSAHEDRAL SYMMETRY. ATOMIC MODELS WERE OPTIMIZED WITH RESPECT TO THIS MAP BY A PSEUDO-REAL-SPACE REFINEMENT PROCEDURE, MINIMIZING A RESIDUAL WITH A STEREOCHEMICAL AND A CRYSTALLOGRAPHIC COMPONENT. THE GRADIENT OF THE STEREOCHEMICAL COMPONENT WAS PROVIDED BY THE X-PLOR PROGRAM (A. BRUNGER, X-PLOR VERSION 2.1 YALE UNIVERSITY 1990). THE CRYSTALLOGRAPHIC COMPONENT AND ITS GRADIENT WERE EVALUATED OVER THE VOLUME OF AN ARBITRARY PSEUDO-CELL (THE PROTOMER BOX) WHICH IS SUFFICIENTLY LARGE TO COMFORTABLY ENCLOSE A COMPLETE CHEMICALLY CONTINUOUS POLIOVIRUS PROTOMER, TOGETHER WITH WHATEVER FRAGMENTS OF SYMMETRY-RELATED PROTOMERS HAPPEN TO LIE SUFFICIENTLY CLOSE TO THE BOX TO CONTRIBUTE TO IT. THIS REFINEMENT SEEKS TO MINIMIZE THE DISCREPANCY BETWEEN THE 'PHASED' FOURIER TRANSFORMS OF MODEL-BASED ELECTRON DENSITY AND AUTHENTIC SYMMETRY-CONSTRAINED ELECTRON DENSITY, WHEN EACH TRANSFORM IS CALCULATED IN THE ARBITRARY PROTOMER BOX VOLUME, SCALED IN A RESOLUTION-DEPENDENT FASHION. SEE JRNL REFERENCE FOR MORE DETAILS. THE DISORDERED RESIDUES ABSENT FROM THE MODEL INCLUDE THE AMINO TERMINUS OF VP1 PRIOR TO THE RESIDUE LABELED GLN 24, 1 - 5 IN VP2, 236 - 238 IN VP3, AND THE RESIDUES LABELED 17 - 22 IN VP4. THE POLYPEPTIDE DESIGNATED IN THIS FILE AS RESIDUES 6 - 9 OF CHAIN 0 REPRESENTS A FEATURE IN THE ELECTRON DENSITY MAP WHICH APPEARS TO BE A BETA STRAND. ALTHOUGH THE SIDE CHAINS OF THIS STRAND CANNOT BE CORRELATED RELIABLY WITH THE SEQUENCE OF THE PROTEIN, THE FEATURE IS BELIEVED LIKELY TO CORRESPOND TO SOME PORTION OF THE AMINO TERMINAL EXTENSION OF VP1. NO SOLVENT MOLECULES ARE INCLUDED. THE POLYPEPTIDE DESIGNATED IN THIS FILE AS RESIDUES 6 - 9 OF CHAIN 0 REPRESENTS A FEATURE IN THE ELECTRON DENSITY MAP WHICH APPEARS TO BE A BETA STRAND. ALTHOUGH THE SIDE CHAINS OF THIS STRAND CANNOT BE CORRELATED RELIABLY WITH THE SEQUENCE OF THE PROTEIN, THE FEATURE IS BELIEVED LIKELY TO CORRESPOND TO SOME PORTION OF THE AMINO TERMINAL EXTENSION OF VP1.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6597 0 43 0 6640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.51
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'PSEUDO-REAL SPACE PROCEDURE' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.295
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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