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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uu3 | ||||||
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タイトル | Structure of human PDK1 kinase domain in complex with LY333531 | ||||||
要素 | 3-PHOSPHOINOSITIDE DEPENDENT PROTEIN KINASE-1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / PROTEIN KINASE (プロテインキナーゼ) / PKB / PDK1 / INHIBITOR (酵素阻害剤) / LY333531 / DIABETES (糖尿病) / CANCER (悪性腫瘍) / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / type B pancreatic cell development / positive regulation of phospholipase activity / RSK activation / hyperosmotic response / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process ...3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / type B pancreatic cell development / positive regulation of phospholipase activity / RSK activation / hyperosmotic response / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / phospholipase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / phospholipase binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / extrinsic apoptotic signaling pathway / RHO GTPases activate PKNs / cellular response to epidermal growth factor stimulus / GPVI-mediated activation cascade / T cell costimulation / activation of protein kinase B activity / Integrin signaling / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / VEGFR2 mediated vascular permeability / VEGFR2 mediated cell proliferation / cell projection / calcium-mediated signaling / positive regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of protein kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of angiogenesis / 遊走 / Regulation of TP53 Degradation / Downstream TCR signaling / PIP3 activates AKT signaling / insulin receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle / actin cytoskeleton organization / postsynaptic density / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / focal adhesion / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Komander, D. / Kular, G.S. / Schuttelkopf, A.W. / Deak, M. / Prakash, K.R. / Bain, J. / Elliot, M. / Garrido-Franco, M. / Kozikowski, A.P. / Alessi, D.R. / Van Aalten, D.M.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2004 タイトル: Interactions of Ly333531 and Other Bisindolyl Maleimide Inhibitors with Pdk1 著者: Komander, D. / Kular, G.S. / Schuttelkopf, A.W. / Deak, M. / Prakash, K.R. / Bain, J. / Elliot, M. / Garrido-Franco, M. / Kozikowski, A.P. / Alessi, D.R. / Van Aalten, D.M.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uu3.cif.gz | 84.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uu3.ent.gz | 61.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uu3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/1uu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/1uu3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35498.688 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 51-360 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: BACULOVIRUS INFECTED / プラスミド: PFASTBAC1 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O15530, EC: 2.7.1.37 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-LY4 / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 2.1 M AMMONIUM SULPHATE 0.1 M TRIS-HCL PH 7.2 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→25 Å / Num. obs: 44644 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 22.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 98.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 25 Å / 冗長度: 4.9 % / Num. measured all: 218856 / Rmerge(I) obs: 0.044 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.7 % / Num. unique obs: 4344 / Num. measured obs: 15901 / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1H1W 解像度: 1.7→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 1.428 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS SOME SIDECHAINS REFINED WITH OCCUPANCY = 0.00 DUE TO DISORDER. SOME RESIDUES MUTATED TO ALANINE DUE TO DISORDER.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.71 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→25 Å
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拘束条件 |
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