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- PDB-1tu4: Crystal Structure of Rab5-GDP Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tu4
タイトルCrystal Structure of Rab5-GDP Complex
要素Ras-related protein Rab-5A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / RAB5 / GTPASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of endosome size / postsynaptic early endosome / cytoplasmic side of early endosome membrane / synaptic vesicle recycling / amyloid-beta clearance by transcytosis / modulation by host of viral process / RAB geranylgeranylation / regulation of filopodium assembly / early endosome to late endosome transport / regulation of autophagosome assembly ...regulation of endosome size / postsynaptic early endosome / cytoplasmic side of early endosome membrane / synaptic vesicle recycling / amyloid-beta clearance by transcytosis / modulation by host of viral process / RAB geranylgeranylation / regulation of filopodium assembly / early endosome to late endosome transport / regulation of autophagosome assembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / early phagosome / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / TBC/RABGAPs / regulation of synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of exocytosis / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / canonical Wnt signaling pathway / endomembrane system / phagocytosis / axon terminus / phagocytic vesicle / ruffle / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / somatodendritic compartment / small monomeric GTPase / G protein activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / intracellular protein transport / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / terminal bouton / receptor internalization / synaptic vesicle membrane / endocytosis / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / Clathrin-mediated endocytosis / actin cytoskeleton / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / melanosome / synaptic vesicle / early endosome membrane / endosome / endosome membrane / early endosome / membrane raft / axon / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / neuronal cell body / dendrite / GTP binding / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-5A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhu, G. / Zhai, P. / Liu, J. / Terzyan, S. / Li, G. / Zhang, X.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural basis of Rab5-Rabaptin5 interaction in endocytosis
著者: Zhu, G. / Zhai, P. / Liu, J. / Terzyan, S. / Li, G. / Zhang, X.C.
履歴
登録2004年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-5A
B: Ras-related protein Rab-5A
C: Ras-related protein Rab-5A
D: Ras-related protein Rab-5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,92820
ポリマ－77,2254
非ポリマー2,70316
水5,567309
1
A: Ras-related protein Rab-5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8083
ポリマ－19,3061
非ポリマー5022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras-related protein Rab-5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0606
ポリマ－19,3061
非ポリマー7535
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ras-related protein Rab-5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8083
ポリマ－19,3061
非ポリマー5022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ras-related protein Rab-5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2528
ポリマ－19,3061
非ポリマー9457
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
A: Ras-related protein Rab-5A
B: Ras-related protein Rab-5A
C: Ras-related protein Rab-5A
D: Ras-related protein Rab-5A
ヘテロ分子

A: Ras-related protein Rab-5A
B: Ras-related protein Rab-5A
C: Ras-related protein Rab-5A
D: Ras-related protein Rab-5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,85640
ポリマ－154,4518
非ポリマー5,40632
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area27680 Å2
ΔGint-470 kcal/mol
Surface area49560 Å2
手法PISA
6


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9240 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area29380 Å2
手法PISA
7
A: Ras-related protein Rab-5A
B: Ras-related protein Rab-5A
ヘテロ分子

A: Ras-related protein Rab-5A
B: Ras-related protein Rab-5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,73618
ポリマ－77,2254
非ポリマー2,51114
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area10310 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area27840 Å2
手法PISA
8
C: Ras-related protein Rab-5A
D: Ras-related protein Rab-5A
ヘテロ分子

C: Ras-related protein Rab-5A
D: Ras-related protein Rab-5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,12022
ポリマ－77,2254
非ポリマー2,89518
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area10340 Å2
ΔGint-214 kcal/mol
Surface area28750 Å2
手法PISA
9
C: Ras-related protein Rab-5A
D: Ras-related protein Rab-5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,06011
ポリマ－38,6132
非ポリマー1,4479
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area15990 Å2
手法PISA
10
A: Ras-related protein Rab-5A
B: Ras-related protein Rab-5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8689
ポリマ－38,6132
非ポリマー1,2557
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area15440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.9, 84.9, 199.9
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質
Ras-related protein Rab-5A


分子量: 19306.346 Da / 分子数: 4 / 断片: GTP binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB5A, RAB5 / プラスミド: pET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P20339
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 0.9798,0.9794,0.9253
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97981
20.97941
30.92531
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 42778 / Num. obs: 42778 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 42.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 32.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 191036.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1200 3 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.217 39796 --
obs0.217 39796 92 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.2548 Å2 / ksol: 0.353337 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.75 Å28.2 Å20 Å2
2--7.75 Å20 Å2
3----15.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.29 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5202 0 148 309 5659
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.552.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.433 89 2.9 %
Rwork0.364 2992 -
obs--72.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2GDP.PARGDP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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