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- PDB-1tmf: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THEILER MURINE ENCEPHALOMYELITIS V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tmf
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THEILER MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (BEAN STRAIN)
要素
  • THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
  • THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP2)
  • THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP3)
  • THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP4)
キーワードVIRUS (ウイルス) / COAT PROTEIN / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-protein covalent cross-linking / : / host cell nucleolus / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / : / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity ...RNA-protein covalent cross-linking / : / host cell nucleolus / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / : / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid ...Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Theiler's encephalomyelitis virus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Luo, M. / Toth, K.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Three-dimensional structure of Theiler murine encephalomyelitis virus (BeAn strain).
著者: Luo, M. / He, C. / Toth, K.S. / Zhang, C.X. / Lipton, H.L.
履歴
登録1992年2月20日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_ref_seq_dif.details
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
2: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP2)
3: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP3)
4: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2654
ポリマ－90,2654
非ポリマー00
水0
1
1: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
2: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP2)
3: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP3)
4: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP4)
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,415,885240
ポリマ－5,415,885240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
2: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP2)
3: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP3)
4: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP4)
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 451 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)451,32420
ポリマ－451,32420
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
2: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP2)
3: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP3)
4: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP4)
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 542 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)541,58924
ポリマ－541,58924
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
2: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP2)
3: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP3)
4: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP4)
x 30


  • crystal asymmetric unit
  • 2.71 MDa, 120 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,707,943120
ポリマ－2,707,943120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)331.860, 331.860, 796.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Atom site foot note1: PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: CIS PROLINE - PRO 2 85
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.88041924, -0.3956428, 0.26139761), (0.39564283, 0.30901699, -0.86485566), (0.26139761, 0.8648556, 0.42859775)66.96199, 116.94791, -146.3756
3generate(0.68693352, -0.2445207, 0.68434784), (0.24452072, -0.80901699, -0.53451019), (0.68434784, 0.53451015, -0.49595051)41.38479, 306.17359, -90.46509
4generate(0.68693352, 0.2445207, 0.68434784), (-0.24452072, -0.80901699, 0.53451019), (0.68434784, -0.53451015, -0.49595051)-41.38479, 306.17359, 90.46509
5generate(0.88041924, 0.3956428, 0.26139761), (-0.39564283, 0.30901699, 0.86485566), (0.26139761, -0.8648556, 0.42859775)-66.96199, 116.94791, 146.3756
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9generate(0.36781156, -0.5874334, -0.72085826), (0.24452072, 0.80901699, -0.53451019), (0.89717573, 0.02033425, 0.44120544)99.42228, 32.32361, -3.44154
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11generate(0.46160511, -0.8319541, -0.30785233), (-0.55484444, -0.83195416), (0.69214767, 0.5548444, -0.46160511)140.80707, 169.2486, -93.90664
12generate(-0.00322252, -0.7059665, 0.70823787), (-0.70596655, -0.5, -0.50160869), (0.70823787, -0.50160866, -0.49677748)119.48384, 253.8729, 84.89656
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14generate(0.30984396, 0.9504872, 0.02389003), (-0.95048727, 0.30901699, 0.0329015), (0.02389003, -0.0329015, 0.99917303)-160.86863, 116.94791, 5.56853
15generate(0.65509083, 0.19179059, -0.73080256), (-0.70596655, 0.5, -0.50160869), (0.26919745, 0.84452135, 0.46294316)-32.46029, 84.6243, -142.93406
16generate(0.46160511, 0.8319541, -0.30785233), (0.55484444, 0.83195416), (0.69214767, -0.5548444, -0.46160511)-140.80707, 169.2486, 93.90664
17generate(0.65509083, -0.19179059, -0.73080256), (0.70596655, 0.5, 0.50160869), (0.26919745, -0.84452135, 0.46294316)32.46029, 84.6243, 142.93406
18generate(0.30984396, -0.9504872, 0.02389003), (0.95048727, 0.30901699, -0.0329015), (0.02389003, 0.0329015, 0.99917303)160.86863, 116.94791, -5.56853
19generate(-0.09701607, -0.3956428, 0.91326592), (0.95048727, -0.30901699, -0.0329015), (0.29523194, 0.8648556, 0.40603306)66.96199, 221.54929, -146.3756
20generate(-0.00322252, 0.7059665, 0.70823787), (0.70596655, -0.5, 0.50160869), (0.70823787, 0.50160866, -0.49677748)-119.48384, 253.8729, -84.89656
21generate(0.46160511, -0.5548444, 0.69214767), (-0.83195416, 0.55484444), (-0.30785233, -0.8319541, -0.46160511)93.90664, 169.2486, 140.80707
22generate(0.36781156, 0.2445207, 0.89717573), (-0.58743344, 0.80901699, 0.02033425), (-0.72085826, -0.53451015, 0.44120544)-41.38479, 32.32361, 90.46509
23generate(0.65509083, 0.7059665, 0.26919745), (-0.19179061, 0.5, -0.84452141), (-0.73080256, 0.50160866, 0.46294316)-119.48384, 84.6243, -84.89656
24generate(0.92643273, 0.19179059, -0.32394252), (-0.19179061, -0.5, -0.84452141), (-0.32394252, 0.84452135, -0.42643273)-32.46029, 253.8729, -142.93406
25generate(0.80685197, -0.5874334, -0.06254491), (-0.58743344, -0.80901699, 0.02033425), (-0.06254491, 0.02033425, -0.99783498)99.42228, 306.17359, -3.44154
26generate(0.46160511, 0.5548444, 0.69214767), (0.83195416, -0.55484444), (-0.30785233, 0.8319541, -0.46160511)-93.90664, 169.2486, -140.80707
27generate(0.80685197, 0.5874334, -0.06254491), (0.58743344, -0.80901699, -0.02033425), (-0.06254491, -0.02033425, -0.99783498)-99.42228, 306.17359, 3.44154
28generate(0.92643273, -0.19179059, -0.32394252), (0.19179061, -0.5, 0.84452141), (-0.32394252, -0.84452135, -0.42643273)32.46029, 253.8729, 142.93406
29generate(0.65509083, -0.7059665, 0.26919745), (0.19179061, 0.5, 0.84452141), (-0.73080256, -0.50160866, 0.46294316)119.48384, 84.6243, 84.89656
30generate(0.36781156, -0.2445207, 0.89717573), (0.58743344, 0.80901699, -0.02033425), (-0.72085826, 0.53451015, 0.44120544)41.38479, 32.32361, -90.46509

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要素

#1: タンパク質 THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1)


分子量: 30574.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Theiler's encephalomyelitis virus (ウイルス)
属: Cardiovirus / 生物種: Theilovirus / 株: BEAN / 器官: KIDNEY腎臓 / 参照: UniProt: P08544
#2: タンパク質 THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP2)


分子量: 29494.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Theiler's encephalomyelitis virus (ウイルス)
属: Cardiovirus / 生物種: Theilovirus / 株: BEAN / 器官: KIDNEY腎臓 / 参照: UniProt: P08544
#3: タンパク質 THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP3)


分子量: 25508.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Theiler's encephalomyelitis virus (ウイルス)
属: Cardiovirus / 生物種: Theilovirus / 株: BEAN / 器官: KIDNEY腎臓 / 参照: UniProt: P08544
#4: タンパク質・ペプチド THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP4)


分子量: 4686.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Theiler's encephalomyelitis virus (ウイルス)
属: Cardiovirus / 生物種: Theilovirus / 株: BEAN / 参照: UniProt: P13899
配列の詳細THE SEQUENCE PRESENTED ON THE SEQRES RECORDS CORRESPONDS TO THE SEQUENCE IN THE COORDINATE RECORDS. ...THE SEQUENCE PRESENTED ON THE SEQRES RECORDS CORRESPONDS TO THE SEQUENCE IN THE COORDINATE RECORDS. NOTE THAT THERE ARE SIX SEQUENCE DIFFERENCES BETWEEN THIS ENTRY AND THE SEQUENCE GIVEN IN SWISSPROT ENTRY POLG_TMEVB: CHAIN RESIDUE ENTRY SWISSPROT 1 138 THR MET 1 139 ASP THR 1 140 THR ARG 3 192 GLN LYS 4 12 ASN GLN 4 13 GLU SER

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
20.02 Mboric acid1reservoir
1PEG33501reservoir

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Num. obs: 209592 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.131

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解析

精密化最高解像度: 3.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6260 0 0 0 6260
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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