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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1szm | ||||||
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タイトル | DUAL BINDING MODE OF BISINDOLYLMALEIMIDE 2 TO PROTEIN KINASE A (PKA) | ||||||
要素 | cAMP-dependent protein kinase, alpha-catalytic subunitCAMP-dependent pathway | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / PKA / PKC / bisindolyl maleimide 2 / LY333531 / selectivity / surrogate kinase / amino acid residue exchange | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production ...CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / VEGFA-VEGFR2 Pathway / PKA activation / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / プロテインキナーゼA / cAMP-dependent protein kinase activity / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / protein kinase A regulatory subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / protein kinase A signaling / negative regulation of TORC1 signaling / acrosomal vesicle / neuromuscular junction / cellular response to heat / peptidyl-serine phosphorylation / protein kinase activity / protein domain specific binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Gassel, M. / Breitenlechner, C.B. / Koenig, N. / Huber, R. / Engh, R.A. / Bossemeyer, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: The protein kinase C inhibitor bisindolyl maleimide 2 binds with reversed orientations to different conformations of protein kinase a. 著者: Gassel, M. / Breitenlechner, C.B. / Koenig, N. / Huber, R. / Engh, R.A. / Bossemeyer, D. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: Staurosporine-induced conformational changes of cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit explain inhibitory potential. 著者: Prade, L. / Engh, R.A. / Girod, A. / Kinzel, V. / Huber, R. / Bossemeyer, D. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN Atom names used for BIM2 in this entry were chosen to comply with PDB ENTRY 1UU3. They ...HETEROGEN Atom names used for BIM2 in this entry were chosen to comply with PDB ENTRY 1UU3. They correspond to atom names used in the original CITATION AND REFERENCE 1 in the following manner: CAA=C3, CAB=C2, CAC=C1, CAD=C23, CAE=C5, CAF=C4, CAG=C22, NAH=N6, CAI=C21, CAJ=C17, CAK=C16, CAL=C8, CAM=C15, CAN=C10, NAO=N9, CAP=C14, CAQ=C13, CAR=C12, CAS=C11, CAT=C20, NAU=N19, CAV=C18, CAW=C7, OAX=O32, CAY=C24 , OAZ=O33, CBA=C25, CBB=C26, NBC=N30, CBD=C31, CBE=C27, CBF=C28, CBG=C29, |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1szm.cif.gz | 143.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1szm.ent.gz | 113.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1szm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/1szm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/1szm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1stcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40777.426 Da / 分子数: 2 / 変異: V123A, L173M, Q181K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PRKACA / プラスミド: pT7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P00517, EC: 2.7.1.37 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: LiCl, MesBisTris, methanol, MEGA-8, PKI(5-24), pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月11日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→24.7 Å / Num. all: 31110 / Num. obs: 30100 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.571 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1STC 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 11.441 / SU ML: 0.257 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.505 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.536 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20 /
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