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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sqn | ||||||
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タイトル | Progesterone Receptor Ligand Binding Domain with bound Norethindrone | ||||||
要素 | progesterone receptorプロゲステロン受容体 | ||||||
キーワード | HORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR / progesterone receptor (プロゲステロン受容体) / nuclear receptor (核内受容体) / steroid receptor / norethindrone / birth control (避妊) / HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / 傍分泌 / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway ...glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / 傍分泌 / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / Nuclear signaling by ERBB4 / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / steroid binding / G protein-coupled receptor activity / SUMOylation of intracellular receptors / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / cell-cell signaling / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / mitochondrial outer membrane / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / signaling receptor binding / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.451 Å | ||||||
データ登録者 | Williams, S.P. / Madauss, K.P. / Deng, J.-S. / Austin, R.J.H. / Lambert, M.H. / McLay, I. / Pritchard, J. / Short, S.A. / Stewart, E.L. / Uings, I.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004 タイトル: Progesterone receptor ligand binding pocket flexibility: crystal structures of the norethindrone and mometasone furoate complexes 著者: Madauss, K.P. / Deng, J.-S. / Austin, R.J.H. / Lambert, M.H. / McLay, I. / Pritchard, J. / Short, S.A. / Stewart, E.L. / Uings, I.J. / Williams, S.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sqn.cif.gz | 117.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sqn.ent.gz | 90.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sqn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/1sqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/1sqn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30134.275 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 676-933, ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: GST fusion / 遺伝子: HUMPGRR / プラスミド: GST-PR LBD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3] / 参照: UniProt: P06401 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.62 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 1000, Li2SO4. hepes pH 6.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月15日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.451→20 Å / Num. all: 63827 / Num. obs: 54571 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 20.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1A28 解像度: 1.451→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.978 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.422 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.451→19.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.451→1.489 Å / Total num. of bins used: 20 /
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