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万見
- PDB-5lf8: Human Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 17 (NUDT17) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lf8
タイトルHuman Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 17 (NUDT17)
要素Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 17
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


NADP+ catabolic process / NADH pyrophosphatase activity / NAD+ catabolic process / : / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / peroxisome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nudix motif 17 domain / : / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHYL MERCURY ION / PHOSPHATE ION / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Mathea, S. / Tallant, C. / Salah, E. / Wang, D. / Velupillai, S. / Nowak, R. / Oerum, S. / Krojer, T. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. ...Mathea, S. / Tallant, C. / Salah, E. / Wang, D. / Velupillai, S. / Nowak, R. / Oerum, S. / Krojer, T. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Huber, K. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 17 (NUDT17)
著者: Huber, K.
履歴
登録2016年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5174
ポリマ－35,9621
非ポリマー5543
水543
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.913, 151.913, 81.495
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 17 / Nudix motif 17


分子量: 35962.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT17
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0C025, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-EMC / ETHYL MERCURY ION


分子量: 229.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5Hg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M SPG pH 7.0 30% PEG1K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→75.96 Å / Num. obs: 11806 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル最高解像度: 2.56 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.56→75.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 14.873 / SU ML: 0.305 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.392 / ESU R Free: 0.31 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29823 621 5.3 %RANDOM
Rwork0.2272 ---
obs0.23072 11183 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 69.608 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.26 Å2-1.63 Å2-0 Å2
2---3.26 Å2-0 Å2
3---10.56 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.56→75.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1770 0 11 3 1784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191822
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6171.9782503
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98933794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0565246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.85222.24549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.3215220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.109159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212033
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02374
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.7997.5691005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.87.5691004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.5411.3291244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.53811.3291245
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4517.631817
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.4297.63817
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.96411.3691260
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.34361.0641874
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.3461.0691875
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.555→2.621 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.465 41 -
Rwork0.442 826 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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