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万見
- PDB-1ryw: C115S MurA liganded with reaction products -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ryw
タイトルC115S MurA liganded with reaction products
要素UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / inside-out alpha-beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / 細胞周期 / 細胞分裂 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EPU / リン酸塩 / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (エンテロバクター・クロアカ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Eschenburg, S. / Schonbrunn, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Evidence That the Fosfomycin Target Cys115 in UDP-N-acetylglucosamine Enolpyruvyl Transferase (MurA) Is Essential for Product Release.
著者: Eschenburg, S. / Priestman, M. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2003年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.42021年10月27日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage ...database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 600HETEROGEN HET GROUPS NUMBERED 2000+ ARE ASSOCIATED WITH CHAIN A. HET GROUPS NUMBERED 3000+ ARE ...HETEROGEN HET GROUPS NUMBERED 2000+ ARE ASSOCIATED WITH CHAIN A. HET GROUPS NUMBERED 3000+ ARE ASSOCIATED WITH CHAIN B. HET GROUPS NUMBERED 4000+ ARE ASSOCIATED WITH CHAIN C. HET GROUPS NUMBERED 5000+ ARE ASSOCIATED WITH CHAIN D. HET GROUPS NUMBERED 6000+ ARE ASSOCIATED WITH CHAIN E. HET GROUPS NUMBERED 7000+ ARE ASSOCIATED WITH CHAIN F. HET GROUPS NUMBERED 8000+ ARE ASSOCIATED WITH CHAIN G. HET GROUPS NUMBERED 9000+ ARE ASSOCIATED WITH CHAIN H.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
E: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
F: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
G: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
H: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)366,34642
ポリマ－358,5078
非ポリマー7,84034
水32,7151816
1
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,35623
ポリマ－179,2534
非ポリマー4,10319
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17670 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area51020 Å2
手法PISA
2
E: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
F: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
G: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
H: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,99019
ポリマ－179,2534
非ポリマー3,73715
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16750 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area51040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.867, 153.729, 135.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / / Enoylpyruvate transferase / UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase / EPT


分子量: 44813.344 Da / 分子数: 8 / 変異: N67D,C115S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (エンテロバクター・クロアカ)
遺伝子: MURA, MURZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P33038, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-EPU / URIDINE-DIPHOSPHATE-2(N-ACETYLGLUCOSAMINYL) BUTYRIC ACID / ENOLPYRUVYL-URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / N-アセチル-1-O-[(5′-ウリジリルオキシ)ヒドロキシホスフィニル]-3-O-(1-カルボキシエテニル)-α-D(以下略)


分子量: 677.400 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N3O19P2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1816 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 20,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 85 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月14日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 140111 / Num. obs: 140111 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 6835 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ejc

1ejc


解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2627 -random
Rwork0.178 ---
all0.178 131328 --
obs0.178 131328 99 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25144 0 499 1816 27459
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.34 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 2627 -
Rwork0.178 --
obs-6835 99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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