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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rxw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of A. fulgidus FEN-1 bound to DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / helical clamp / helix-3 turn-helix / hydrophobic wedge / 3' flap binding site / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5'-flap endonuclease activity / DNA replication, removal of RNA primer / 5'-3' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA修復 / magnesium ion binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Chapados, B.R. / Hosfield, D.J. / Han, S. / Qiu, J. / Yelent, B. / Shen, B. / Tainer, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004 タイトル: Structural Basis for FEN-1 Substrate Specificity and PCNA-Mediated Activation in DNA Replication and Repair 著者: Chapados, B.R. / Hosfield, D.J. / Han, S. / Qiu, J. / Yelent, B. / Shen, B. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rxw.cif.gz | 87.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rxw.ent.gz | 62.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rxw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/1rxw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/1rxw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a monomer in the asymmetric unit. |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic upstream primer strand |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2755.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic upstream primer strand |
#3: タンパク質 | 分子量: 38117.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) 遺伝子: FEN, AF0264 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O29975 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.36 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, glycerol, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月24日 |
放射 | モノクロメーター: Ge(111). conical Si/Rh mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 33233 / Num. obs: 33233 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.056 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rsym value: 0.322 / % possible all: 97.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1RXV 解像度: 2→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
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拘束条件 |
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