PDB-4job: Crystal structure of human lysophosphatidic acid phosphatase type...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4job

タイトル

Crystal structure of human lysophosphatidic acid phosphatase type 6 complexed with L-(+)-tartrate

要素

Lysophosphatidic acid phosphatase type 6

キーワード

HYDROLASE / Rossmann Fold / mitochondria

機能・相同性

機能・相同性情報

lysobisphosphatidic acid metabolic process / phosphatidic acid biosynthetic process / Synthesis of PA / acid phosphatase / lysophosphatidic acid phosphatase activity / acid phosphatase activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / phospholipid metabolic process / dephosphorylation / mitochondrial matrix ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.171 Å

データ登録者

Li, J.

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: Crystal structures and biochemical studies of human lysophosphatidic acid phosphatase type 6
著者: Li, J. / Dong, Y. / Lu, X. / Wang, L. / Peng, W. / Zhang, X.C. / Rao, Z.

履歴

登録	2013年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4job.cif.gz	161 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4job.ent.gz	133.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4job.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4job_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4job_full_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示
XML形式データ	4job_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	4job_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/4job ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/4job	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jocC 4jodC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4c68-1 5v8u-1 6c80-1 4qbj-d 5g1z-1 4xsg-d 2imb-1 6umr-1 5a5h-3 5m61-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (6) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysophosphatidic acid phosphatase type 6

ヘテロ分子

45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.319, 91.028, 104.959
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lysophosphatidic acid phosphatase type 6 / Acid phosphatase 6 / lysophosphatidic / Acid phosphatase-like protein 1 / PACPL1 分子量: 45363.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACP6 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NPH0, acid phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	MET 316 CORRESPONDS TO VARIANT RS6593795.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % / Mosaicity: 0.833 °
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M sodium tartrate dibasic dihydrate, 20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.17→50 Å / Num. obs: 23126 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 37.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / Χ²: 1.053 / Net I/σ(I): 19.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.17-2.25	5.8	0.457	2265	1.091	1	99.3
2.25-2.34	6.8	0.447	2283	1.085	1	100
2.34-2.44	7.1	0.309	2277	1.072	1	100
2.44-2.57	7.1	0.24	2258	1.076	1	100
2.57-2.73	7.1	0.189	2305	1.059	1	100
2.73-2.95	7	0.142	2310	1.094	1	100
2.95-3.24	6.8	0.106	2303	1.015	1	100
3.24-3.71	6.5	0.078	2329	0.997	1	100
3.71-4.67	6.2	0.063	2351	0.979	1	99.9
4.67-50	6	0.056	2497	1.06	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.171→45.514 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.48 / FOM work R set: 0.7742 / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2488	1888	8.65 %	RANDOM
R_work	0.2005	-	-	-
obs	0.2048	21832	94.24 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.805 Å² / k_sol: 0.31 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 148 Å² / B_iso mean: 52.5269 Å² / B_iso min: 18.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.9818 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-17.1139 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.1321 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.171→45.514 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2978	0	10	75	3063

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3183
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.911	4158
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	455
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	537
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.857	1175

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1711-2.2298	0.4304	104	0.3486	1180	1284	73
2.2298-2.2954	0.4059	125	0.359	1289	1414	82
2.2954-2.3695	0.3051	139	0.236	1462	1601	91
2.3695-2.4541	0.2868	148	0.2261	1513	1661	95
2.4541-2.5524	0.2528	144	0.2154	1509	1653	95
2.5524-2.6686	0.2683	145	0.2066	1558	1703	97
2.6686-2.8092	0.326	152	0.2256	1572	1724	97
2.8092-2.9852	0.2944	151	0.2355	1595	1746	98
2.9852-3.2156	0.2875	151	0.2168	1593	1744	99
3.2156-3.5391	0.2242	152	0.2003	1614	1766	99
3.5391-4.051	0.207	155	0.1656	1651	1806	99
4.051-5.1027	0.1856	155	0.1482	1653	1808	100
5.1027-45.524	0.2434	167	0.2009	1755	1922	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1513	-0.035	0.0715	0.2765	-0.0616	0.0654	0.1177	0.1436	-0.1348	-0.7623	-0.0923	0.0642	0.1531	-0.0733	0.0042	0.2479	0.0066	0.0073	0.3645	0.0245	0.3175	-14.9579	-3.5424	9.7573
2	0.2741	0.2004	0.228	0.1736	0.1974	0.2353	0.0694	-0.3267	-0.8826	0.4509	-0.1618	-0.3253	0.6293	-0.08	-0.0712	0.5501	0.0449	0.0167	0.1903	0.0835	0.7396	-4.9511	-40.4488	9.2794
3	0.3799	0.3316	0.1334	2.7349	-1.2643	1.0018	0.0364	-0.1407	-0.3902	-0.3997	-0.5615	-1.3001	0.5231	0.4488	-0.2615	0.2434	-0.1333	-0.2252	0.4754	0.1399	0.5598	6.1638	-20.7539	15.7064
4	0.5292	-0.0308	-0.2493	2.6266	0.2414	0.1841	0.0866	-0.0186	-0.4154	-0.5538	-0.0189	0.1687	0.0964	-0.0089	0.0281	0.1593	0.011	0.009	0.279	0.0349	0.269	-3.1154	-26.1181	7.5104
5	0.2585	0.1239	0.0427	0.3614	0.2373	0.1483	0.0972	-0.043	-0.0594	-0.0391	-0.2317	-0.4373	-0.0823	0.3233	-0.0012	0.2506	-0.0124	0.0234	0.3386	-0.0022	0.3486	-0.764	-12.7371	10.609
6	0.1803	-0.5285	0.148	1.5168	0.31	1.0189	0.0719	-0.1136	-0.0456	0.4101	-0.0936	0.0473	0.1866	-0.0005	0.0002	0.3649	-0.0394	-0.1007	0.2885	0.0549	0.2625	-13.2016	-29.3545	23.5627
7	0.3333	0.3198	0.3772	0.2582	0.4214	0.4478	-0.0418	0.023	-0.0119	-0.1753	0.0693	0.1053	0.2475	-0.0061	-0.0005	0.4056	-0.0324	-0.0254	0.2161	0.0043	0.3114	-19.2373	-38.2389	13.1779
8	0.1104	-0.0617	0.0133	0.1349	0.0425	-0.0078	0.0275	0.0593	0.0653	0.639	0.1735	0.2476	-0.0192	-0.0034	0.001	0.3786	-0.0236	-0.0146	0.3303	-0.0013	0.3071	-15.4975	-11.3311	26.4678
9	0.2479	-0.2382	0.0368	0.2657	-0.2096	0.4166	-0.0066	-0.3078	0.1284	-0.0104	0.0192	-0.0558	0.0497	0.0839	-0.0002	0.2803	-0.0146	-0.0088	0.328	0.0012	0.28	-13.3798	-16.6077	16.6609
10	0.0479	-0.1668	-0.0792	0.2493	-0.1138	0.2543	0.0104	0.323	0.0587	-0.4511	0.0969	0.3338	-0.2414	-0.09	-0.002	0.3645	0.0093	-0.0016	0.3254	0.0141	0.353	-20.4112	-4.6899	12.0548
11	1.0853	0.0483	-0.0263	0.1032	-0.1605	0.377	0.1553	-0.1185	0.1621	0.6893	-0.2072	-0.19	-0.0928	-0.1755	0.0067	0.5465	-0.046	-0.0198	0.3066	-0.0316	0.2719	-18.1941	-12.0569	31.4969

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 42:58)	A	42 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 59:81)	A	59 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 82:105)	A	82 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 106:143)	A	106 - 143
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 144:181)	A	144 - 181
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 182:239)	A	182 - 239
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 240:293)	A	240 - 293
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 294:316)	A	294 - 316
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESSEQ 317:357)	A	317 - 357
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESSEQ 358:394)	A	358 - 394
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN A AND (RESSEQ 395:419)	A	395 - 419

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