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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rj4 | ||||||
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タイトル | Structure of a Cell Wall Invertase Inhibitor from Tobacco in Complex with Cd2+ | ||||||
要素 | invertase inhibitor | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / FOUR-HELIX BUNDLE (ヘリックスバンドル) / HELICAL HAIRPIN / CADMIUM COORDINATION / BIS-TRIS BUFFER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nicotiana tabacum (タバコ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Hothorn, M. / D'Angelo, I. / Marquez, J.A. / Greiner, S. / Scheffzek, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: The invertase inhibitor Nt-CIF from tobacco: a highly thermostable four-helix bundle with an unusual N-terminal extension 著者: Hothorn, M. / D'Angelo, I. / Marquez, J.A. / Greiner, S. / Scheffzek, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rj4.cif.gz | 122.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rj4.ent.gz | 101.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rj4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/1rj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/1rj4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer in solution |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16088.454 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 組織: cell wall細胞壁 / 遺伝子: NTINH1 / プラスミド: pETM20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami(DE3) / 参照: UniProt: O49908 #2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 化合物 | ChemComp-BTB / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 4.0M sodium formate, 0.1M bis-Tris buffer, 0.03 M CDCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Hothorn, M., (2003) Acta Cryst., D59, 2279. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→19.67 Å / Num. all: 49180 / Num. obs: 49162 / % possible obs: 1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 16.09 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 7.72 / Num. unique all: 9425 / Rsym value: 0.258 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 49059 / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 9428 / Rmerge(I) obs: 0.258 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→19.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2195351.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.1757 Å2 / ksol: 0.38682 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 49059 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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