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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qme | ||||||
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タイトル | PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2X (PBP-2X) | ||||||
要素 | PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2X | ||||||
キーワード | PENICILLIN-BINDING PROTEIN (ペニシリン結合タンパク質) / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS (ペプチドグリカン) / RESISTANCE / CELL WALL (細胞壁) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / 細胞周期 / 細胞分裂 / response to antibiotic / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Gordon, E.J. / Mouz, N. / Duee, E. / Dideberg, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: The Crystal Structure of the Penicillin-Binding Protein 2X from Streptococcus Pneumoniae and its Acyl-Enzyme Form: Implication in Drug Resistance. 著者: Gordon, E.J. / Mouz, N. / Duee, E. / Dideberg, O. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: X-Ray Structure of Streptococcus Pneumoniae Pbp2X, a Primary Penicillin Target Enzyme 著者: Pares, S. / Mouz, N. / Petillot, Y. / Hakenbeck, R. / Dideberg, O. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Crystallization of a Genetically Engineered Water-Soluble Primary Penicillin Target Enzyme. The High Molecular Mass Pbp2X of Streptococcus Pneumoniae 著者: Charlier, P. / Buisson, G. / Dideberg, O. / Wierenga, J. / Keck, W. / Laible, G. / Hakenbeck, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qme.cif.gz | 130.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qme.ent.gz | 97.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qme.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/1qme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/1qme | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 76807.969 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 49-750 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: PBP2X / プラスミド: PGEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: P14677 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.5 詳細: 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.5, 1.0-1.3M AMMONIUM SULFATE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月15日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 42234 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.368 / % possible all: 93.5 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 93.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PMD 解像度: 2.4→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3273002.6 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. MEMBRANE ANCHOR HAS BEEN DELETED FROM CONSTRUCT. PROTEIN CRYSTALLISED CORRESPONDS TO RESIDUES 49-750. ALSO, RESIDUES 93-182, 233- 253, 621-631 ARE DISORDERED.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 39 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.246 |