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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q0s | ||||||
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タイトル | Binary Structure of T4DAM with AdoHcy | ||||||
要素 | DNA adenine methylase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / T4DAM / Methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / DNA-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / S-adenosyl-L-methionine binding / DNA restriction-modification system / mismatch repair / DNA replication / sequence-specific DNA binding / methylation ...symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / DNA-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / S-adenosyl-L-methionine binding / DNA restriction-modification system / mismatch repair / DNA replication / sequence-specific DNA binding / methylation / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, Z. / Horton, J.R. / Zhou, L. / Zhang, X.J. / Dong, A. / Zhang, X. / Schlagman, S.L. / Kossykh, V. / Hattman, S. / Cheng, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003 タイトル: Structure of the bacteriophage T4 DNA adenine methyltransferase 著者: Yang, Z. / Horton, J.R. / Zhou, L. / Zhang, X.J. / Dong, A. / Zhang, X. / Schlagman, S.L. / Kossykh, V. / Hattman, S. / Cheng, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1q0s.cif.gz | 63 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1q0s.ent.gz | 46 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1q0s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1q0s_validation.pdf.gz | 448.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1q0s_full_validation.pdf.gz | 455.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1q0s_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1q0s_validation.cif.gz | 10.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/1q0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/1q0s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30463.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: DAM / プラスミド: PJW2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P04392, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) |
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#2: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 13015 / Num. obs: 12701 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 99.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 56092 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→18 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→18 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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