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- PDB-1ppl: CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF TRANSITION-STATE MIMICS BOUND TO PEN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ppl
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF TRANSITION-STATE MIMICS BOUND TO PENICILLOPEPSIN: PHOSPHORUS-CONTAINING PEPTIDE ANALOGUES
要素PENICILLOPEPSINペニシロペプシン
キーワードHYDROLASE/hydrolase inhibitor / ACID PROTEINASE (プロテアーゼ) / HYDROLASE-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ペニシロペプシン / aspartic-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IVA-VAL-VAL-LEU(P)-(O)PHE-OME / Chem-1Z7 / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-xylopyranose / Penicillopepsin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium janthinellum (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Fraser, M.E. / James, M.N.G.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Crystallographic analysis of transition-state mimics bound to penicillopepsin: phosphorus-containing peptide analogues.
著者: Fraser, M.E. / Strynadka, N.C. / Bartlett, P.A. / Hanson, J.E. / James, M.N.
#1: ジャーナル: Biological Macromolecules and Assemblies / 年: 1987
タイトル: Aspartic Proteinases and Their Catalytic Pathway
著者: James, M.N.G. / Sielecki, A.R.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1985
タイトル: Stereochemical Analysis of Peptide Bond Hydrolysis Catalyzed by the Aspartic Proteinase Penicillopepsin
著者: James, M.N.G. / Sielecki, A.R.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Structure and Refinement of Penicillopepsin at 1.8 Angstroms Resolution
著者: James, M.N.G. / Sielecki, A.R.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1982
タイトル: Conformational Flexibility in the Active Sites of Aspartyl Proteinases Revealed by a Pepstatin Fragment Binding to Penicillopepsin
著者: James, M.N.G. / Sielecki, A. / Salituro, F. / Rich, D.H. / Hofmann, T.
#5: ジャーナル: STRUCTURAL STUDIES ON MOLECULES OF BIOLOGICA INTERESTL
年: 1981
タイトル: The Tertiary Structure of Penicillopepsin. Towards a Catalytic Mechanism for Acid Proteases
著者: James, M.N.G. / Hsu, I-N. / Hofmann, T. / Sielecki, A.R.
#6: ジャーナル: Can.J.Biochem. / 年: 1980
タイトル: An X-Ray Crystallographic Approach to Enzyme Structure and Function
著者: James, M.N.G.
#7: ジャーナル: Nature / 年: 1978
タイトル: Structural Evidence for Gene Duplication in the Evolution of the Acid Proteases
著者: Tang, J. / James, M.N.G. / Hsu, I.N. / Jenkins, J.A. / Blundell, T.L.
#8: ジャーナル: Nature / 年: 1977
タイトル: Mechanism of Acid Protease Catalysis Based on the Crystal Structure of Penicillopepsin
著者: James, M.N.G. / Hsu, I.-N. / Delbaere, L.T.J.
#9: ジャーナル: Nature / 年: 1977
タイトル: Penicillopepsin from Penicillium Janthinellum Crystal Structure at 2.8 Angstroms and Sequence Homology with Porcine Pepsin
著者: Hsu, I.-N. / Delbaere, L.T.J. / James, M.N.G. / Hofmann, T.
#10: ジャーナル: Adv.Exp.Med.Biol. / 年: 1977
タイトル: Penicillopepsin. 2.8 Angstroms Structure, Active Site Conformation and Mechanistic Implications
著者: Hsu, I-N. / Delbaere, L.T.J. / James, M.N.G. / Hofmann, T.
#11: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1976
タイトル: The Crystal Structure of Penicillopepsin at 6 Angstroms Resolution
著者: Hsu, I-N. / Hofmann, T. / Nyburg, S.C. / James, M.N.G.
履歴
登録1992年6月1日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_status / software / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.62020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: PENICILLOPEPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5075
ポリマ－33,4691
非ポリマー1,0384
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.500, 46.460, 65.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: RESIDUES 134 AND 315 ARE CIS PROLINES.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-375-

HOH

21E-605-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質 PENICILLOPEPSIN / ペニシロペプシン


分子量: 33468.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium janthinellum (菌類) / 参照: UniProt: P00798, ペニシロペプシン

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス / マンノース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-XYS / alpha-D-xylopyranose / α-D-キシロピラノ-ス / キシロース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 278分子

#2: 化合物 ChemComp-1Z7 / N-(3-methylbutanoyl)-L-valyl-N-{(1S)-1-[(R)-[(1R)-1-benzyl-2-methoxy-2-oxoethoxy](hydroxy)phosphoryl]-3-methylbutyl}-L- valinamide / IVA-VAL-VAL-LP(0)FOMe / (S)-2-[[(R)-1-[(イソバレリル-L-Val-L-Val-)アミノ]-3-メチルブチル]ホスホニルオキシ](以下略)


タイプ: peptide-likeペプチド, Peptide-likeペプチド
クラス: 阻害剤 / 分子量: 611.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H50N3O8P / 参照: IVA-VAL-VAL-LEU(P)-(O)PHE-OME
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細THE INHIBITOR SUBCOMPONENT ZPH HAS A MODIFIED LEUCINE IN WHICH THE CO GROUP HAS BEEN REPLACED WITH ...THE INHIBITOR SUBCOMPONENT ZPH HAS A MODIFIED LEUCINE IN WHICH THE CO GROUP HAS BEEN REPLACED WITH A PO2 GROUP. XYS IS POORLY DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.96 %
結晶化
*PLUS
温度: 18-22 ℃ / pH: 4.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
234-40 %satammonium sulfate1drop
30.1 M1dropNaC2H3O2
110 mg/mlcomplex1drop

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 60 Å / Num. all: 29601 / Num. obs: 26533 / Num. measured all: 88917 / Rmerge(I) obs: 0.06

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.148 / Rfactor obs: 0.148 / 最高解像度: 1.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2366 0 67 276 2709
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 24760 / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.148
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.047
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.049
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.021
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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