PDB-1ow4: Crystal structure of a pheromone binding protein from the cockroa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ow4

タイトル

Crystal structure of a pheromone binding protein from the cockroach Leucophaea maderae in complex with the fluorescent reporter ANS (1-anilinonaphtalene-8-sulfonic acid),

要素

pheromone binding protein

Insect pheromone-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) /

Pheromone Binding Protein / ligand 8-anilino-1-naphtalenesulfonic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leucophaea maderae (ゴキブリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Lartigue, A. / Gruez, A. / Spinelli, S. / Riviere, S. / Brossut, R. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: THE CRYSTAL STRUCTURE OF A COCKROACH PHEROMONE-BINDING PROTEIN SUGGESTS A NEW LIGAND BINDING AND RELEASE MECHANISM
著者: Lartigue, A. / Gruez, A. / Spinelli, S. / Riviere, S. / Brossut, R. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

履歴

登録	2003年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ow4.cif.gz	66.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ow4.ent.gz	48.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ow4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/1ow4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/1ow4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1orgC 1p28C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4owl-8 1krx-d 1d4w-1 2nnq-d 2k13-d 1o1v-d 1org-2 5tpj-d 6opb-4 5l8o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: pheromone binding protein

B: pheromone binding protein

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: pheromone binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: pheromone binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.422, 45.070, 45.379
Angle α, β, γ (deg.)	118.55, 92.63, 107.17
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	pheromone binding protein / Insect pheromone-binding protein 分子量: 14159.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leucophaea maderae (ゴキブリ) / 遺伝子: Pheromone Binding Protein (PBP) / プラスミド: pET22b+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8MTC1
#2: 化合物	ChemComp-2AN / 8-ANILINO-1-NAPHTHALENE SULFONATE / 8-アニリノ-1-ナフタレンスルホン酸 / 8-Anilinonaphthalene-1-sulfonic acid 分子量: 299.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₃NO₃S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: PEG 10000, Imidazole/malate., pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
結晶化	*PLUS 手法: unknown / 詳細: Sulzenbacher, G., (2002) Acta Cryst., D58, 2109.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97887 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月9日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97887 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→25.906 Å / Num. all: 34113 / Num. obs: 31333 / % possible obs: 84.4 % / Observed criterion σ(F): 4.8 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.057 / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.122 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / R_sym value: 0.122 / % possible all: 84.4
反射	PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度*: 30 Å
反射シェル	PLUS % possible obs*: 84 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Lma-PBP (native)

解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 1.633 / SU ML: 0.057 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 4.8 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20843	1565	5 %	RANDOM
R_work	0.17433	-	-	-
all	0.176	37118	-	-
obs	0.17602	29762	84.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	-0.02 Å²	-0.89 Å²
2-	-	0.47 Å²	0.21 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1821	0	54	243	2118

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1931
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.762	2.006	2611
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.853	3	3943
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.872	5	237
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.016	0.02	382
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.101	0.2	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.132	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.36	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.193	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.899	1.5	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.635	2	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.564	3	736
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.945	4.5	684

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.247	82
R_work	0.183	1355

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.603	-0.0121	0.5237	0.6511	-0.273	0.8433	0.0264	-0.0568	-0.0389	-0.0036	-0.0419	-0.0154	0.0009	-0.0545	0.0155	0.0314	-0.0059	0.0247	0.03	-0.0103	0.0388	-14.504	10.923	-10.406
2	1.4473	0.02	0.5065	1.1453	-0.0849	0.7601	-0.0129	0.0779	-0.0008	-0.0318	-0.0014	-0.0398	0.0158	0.0748	0.0143	0.023	0.0008	0.0276	0.0352	-0.0031	0.0336	4.875	-10.812	8.574

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 118	11 - 129
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	0 - 118	11 - 129

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.174 / R_factor R_work: 0.208

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.76

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.64 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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