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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nkn | ||||||
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タイトル | VISUALIZING AN UNSTABLE COILED COIL: THE CRYSTAL STRUCTURE OF AN N-TERMINAL SEGMENT OF THE SCALLOP MYOSIN ROD | ||||||
要素 | S2N51-GCN4 | ||||||
キーワード | CONTRACTILE PROTEIN / alpha helix (Αヘリックス) / coiled coil (コイルドコイル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / myosin complex / myofibril / cytoskeletal motor activity ...protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / myosin complex / myofibril / cytoskeletal motor activity / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / : / actin filament binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Argopecten irradians (無脊椎動物) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Li, Y. / Brown, J.H. / Reshetnikova, L. / Blazsek, A. / Farkas, L. / Nyitray, L. / Cohen, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2003 タイトル: Visualization of an unstable coiled coil from the scallop myosin rod 著者: Li, Y. / Brown, J.H. / Reshetnikova, L. / Blazsek, A. / Farkas, L. / Nyitray, L. / Cohen, C. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE AN APPROPRIATE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS NOT AVAILABLE AT THE TIME OF PROCESSING. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nkn.cif.gz | 71.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nkn.ent.gz | 56.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nkn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/1nkn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/1nkn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10559.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Argopecten irradians, Saccharomyces cerevisiae 属: Argopecten, Saccharomyces / 生物種: , / 株: , / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P03069, UniProt: Q17042*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.14 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: sodium chloride, sodium azide, MOPS, PEG 200 MME, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.939 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.939 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 14762 / Num. obs: 13342 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 49.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 21.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.76 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 5.28 / Num. unique all: 1458 / % possible all: 75.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Rfactor Rfree: 0.286 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |