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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n4w | ||||||
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タイトル | ATOMIC RESOLUTION STRUCTURE OF CHOLESTEROL OXIDASE @ pH 7.3 (STREPTOMYCES SP. SA-COO) | ||||||
要素 | Cholesterol oxidaseコレステロールオキシダーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FLAVOENZYME (フラボタンパク質) / STEROID METABOLISM (ステロイド) / ATOMIC RESOLUTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 コレステロールオキシダーゼ / cholesterol oxidase activity / steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / cholesterol catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.92 Å | ||||||
データ登録者 | Vrielink, A. / Lario, P.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2006 タイトル: Atomic resolution crystallography reveals how changes in pH shape the protein microenvironment 著者: Lyubimov, A.Y. / Lario, P.I. / Moustafa, I. / Vrielink, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n4w.cif.gz | 352.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n4w.ent.gz | 288.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n4w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/1n4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/1n4w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54969.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FAD COFACTOR NON-COVALENTLY BOUND TO THE ENZYME / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: SA-COO / 遺伝子: CHOA / プラスミド: PCO202 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS 参照: UniProt: P12676, コレステロールオキシダーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-MN / |
#3: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.63 % |
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結晶化 | pH: 7.3 / 詳細: PEG 8000, MANGANESE SULFATE, MES, pH 7.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月27日 |
放射 | モノクロメーター: CRYSTALS SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.92→31.3 Å / Num. obs: 294009 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 0.92→0.94 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 66.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING 開始モデル: 1MXT 解像度: 0.92→31.3 Å / Num. parameters: 46766 / Num. restraintsaints: 62084 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: THE FOLLOWING ARE RESIDUES THAT WERE NOT LOCATED IN THE EXPERIMENT: ASP A 6, ASN A 7, GLY A 8, THR A 507 (ONLY N WAS LOCATED), ALA A 508, SER A 509. SOME VERY MOBILE SIDE CHAINS WERE MODELED ...詳細: THE FOLLOWING ARE RESIDUES THAT WERE NOT LOCATED IN THE EXPERIMENT: ASP A 6, ASN A 7, GLY A 8, THR A 507 (ONLY N WAS LOCATED), ALA A 508, SER A 509. SOME VERY MOBILE SIDE CHAINS WERE MODELED AT EITHER 50% OR WERE NOT MODELLED. THE FOLLOWING ATOMS WERE NOT MODELLED: RES 146 CZ -> END IS MISSING.; RES 183 CE -> END IS MISSING.; RES 273 NZ IS MISSING.; RES 436 CG->END IS MISSING; PARTIALLY OCCUPIED SIDE CHAIN ATOMS MODELED AT 50% FOR THE FOLLOWING: RES 73 ATOMS CD OE1 OE2; RES 127 ATOMS CD 1HD 2HD NZ 1HZ 2HZ 3HZ; RES 145 ATOMS CG OD1 OD2; RESI 146 ATOMS NE HE; RES 156 ATOMS CD 1HD 2HD NE HE CZ NH1 1HH1 2HH1 NH2 1HH2 2HH2; RES 163 ATOMS CE 1HE 2HE NZ 1HZ 2HZ 3HZ; RES 179 ATOMS CG 1HG 2HG CD OE1 OE2; RES 183 ATOMS CD 1HD 2HD; RES 241 ATOMS CE 1HE 2HE NZ 1HZ 2HZ 3HZ; RESI 273 ATOMS CG 1HG 2HG CD 1HD 2HD; RES 355 ATOMS CG OD1 OD2; RES 396 ATOMS NE HE CZ NH1 1HH1 2HH1 NH2 1HH2 2HH2; RES 398 ATOMS CE 1HE 2HE NZ 1HZ 2HZ 3HZ; RES 435 ATOMS CB HB OG1 CG2 1HG2 2HG2 3HG2; RES 436 ATOMS CB 1HB 2HB 3HB C; RES 468 ATOMS CG 1HG 2HG CD 1HD 2HD NZ 1HZ 2HZ 3HZ
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Refine analyze | Num. disordered residues: 107 / Occupancy sum hydrogen: 3731.57 / Occupancy sum non hydrogen: 4455.43 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.92→31.3 Å
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拘束条件 |
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