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Yorodumi- PDB-4xxg: Structure of protonated Cholesterol Oxidase from Streptomyces SA-COO -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xxg | ||||||
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Title | Structure of protonated Cholesterol Oxidase from Streptomyces SA-COO | ||||||
Components | Cholesterol oxidase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information cholesterol oxidase / cholesterol oxidase activity / steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / cholesterol catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces sp. SA-COO (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 0.85 Å | ||||||
Authors | Golden, E. / Vrielink, A. | ||||||
Citation | Journal: Anal.Biochem. / Year: 2015 Title: Production and characterization of recombinant perdeuterated cholesterol oxidase. Authors: Golden, E. / Attwood, P.V. / Duff, A.P. / Meilleur, F. / Vrielink, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xxg.cif.gz | 342.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xxg.ent.gz | 279.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xxg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/4xxg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/4xxg | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4xwrC 1mxtS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 55798.543 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces sp. SA-COO (bacteria) / Gene: choA / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P12676, cholesterol oxidase, steroid Delta-isomerase |
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#2: Chemical | ChemComp-FAD / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG 8K, MnSO4, sodium cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.82472 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 10, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.82472 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 0.85→60.846 Å / Num. all: 390495 / Num. obs: 390495 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 6.39 Å2 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.127 / Rsym value: 0.124 / Net I/av σ(I): 2.506 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 5617181 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0 / % possible all: 100
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1MXT Resolution: 0.85→34.278 Å / SU ML: 0.05 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / Phase error: 11.46 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 171.54 Å2 / Biso mean: 10.9052 Å2 / Biso min: 2.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 0.85→34.278 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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