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Yorodumi- PDB-4xwr: X-ray structure of perdeuterated Cholesterol Oxidase from Strepto... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xwr | ||||||
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Title | X-ray structure of perdeuterated Cholesterol Oxidase from Streptomyces SA-COO | ||||||
Components | Cholesterol oxidase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / perdeuteration | ||||||
Function / homology | Function and homology information cholesterol oxidase / cholesterol oxidase activity / steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / cholesterol catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces sp. SA-COO (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.1 Å | ||||||
Authors | Golden, E. / Vrielink, A. | ||||||
Citation | Journal: Anal.Biochem. / Year: 2015 Title: Production and characterization of recombinant perdeuterated cholesterol oxidase. Authors: Golden, E. / Attwood, P.V. / Duff, A.P. / Meilleur, F. / Vrielink, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xwr.cif.gz | 340.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xwr.ent.gz | 277.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xwr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/4xwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/4xwr | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4xxgC 1mxtS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 55798.543 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces sp. SA-COO (bacteria) / Gene: choA / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P12676, cholesterol oxidase, steroid Delta-isomerase |
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#2: Chemical | ChemComp-FAD / |
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.2 / Details: PEG 8K, MnSO4, sodium cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 10, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.1→60.98 Å / Num. all: 178806 / Num. obs: 178806 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 5.87 Å2 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.08 / Rsym value: 0.077 / Net I/av σ(I): 4.307 / Net I/σ(I): 20.3 / Num. measured all: 1910430 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1MXT Resolution: 1.1→40.959 Å / SU ML: 0.05 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 7.13 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.39 Å2 / Biso mean: 9.3747 Å2 / Biso min: 2.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.1→40.959 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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