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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xxg | ||||||
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タイトル | Structure of protonated Cholesterol Oxidase from Streptomyces SA-COO | ||||||
要素 | Cholesterol oxidaseコレステロールオキシダーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 コレステロールオキシダーゼ / cholesterol oxidase activity / steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / cholesterol catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces sp. SA-COO (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.85 Å | ||||||
データ登録者 | Golden, E. / Vrielink, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Anal.Biochem. / 年: 2015 タイトル: Production and characterization of recombinant perdeuterated cholesterol oxidase. 著者: Golden, E. / Attwood, P.V. / Duff, A.P. / Meilleur, F. / Vrielink, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xxg.cif.gz | 342.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xxg.ent.gz | 279.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xxg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/4xxg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/4xxg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55798.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces sp. SA-COO (バクテリア) 遺伝子: choA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P12676, コレステロールオキシダーゼ, steroid Delta-isomerase |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.94 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8K, MnSO4, sodium cacodylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.82472 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.82472 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 0.85→60.846 Å / Num. all: 390495 / Num. obs: 390495 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 6.39 Å2 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.127 / Rsym value: 0.124 / Net I/av σ(I): 2.506 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 5617181 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0 / % possible all: 100
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1MXT 解像度: 0.85→34.278 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 11.46 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 171.54 Å2 / Biso mean: 10.9052 Å2 / Biso min: 2.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 0.85→34.278 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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