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万見

- PDB-1mew: Inosine Monophosphate Dehydrogenase (IMPDH) From Tritrichomonas F... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mew

タイトル

Inosine Monophosphate Dehydrogenase (IMPDH) From Tritrichomonas Foetus with XMP and NAD bound

要素

INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

alpha beta barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity /

IMPデヒドロゲナーゼ / GMP biosynthetic process /

nucleotide binding / protein-containing complex / identical protein binding /

metal ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Tritrichomonas foetus (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Prosise, G.L. / Luecke, H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structures of Tritrichomonas foetus Inosine Monophosphate Dehydrogenase in Complex with Substrate, Cofactor and Analogs: A Structural Basis for the Random-in Ordered-out Kinetic Mechanism
著者: Prosise, G.L. / Luecke, H.

履歴

登録	2002年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mew.cif.gz	83.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mew.ent.gz	65.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mew.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/1mew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/1mew	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1me9C 1mehC 1meiC 1ak5S 1me7 1me8 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lrt-d 1me8-1 1mei-1 6rht-1 2bzn-2 1b3o-1 3vkj-d 1me9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (3)

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集合体

登録構造単位

A: INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

56.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

A: INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

A: INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

A: INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
226 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	153.827, 153.827, 153.827
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	207
Space group name H-M	P432

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要素

#1: タンパク質	INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE / IMP DEHYDROGENASE / IMPDH 分子量: 55540.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tritrichomonas foetus (真核生物) / 遺伝子: IMPDH / プラスミド: pBACE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): H712 / 参照: UniProt: P50097, IMPデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-XMP / XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 5-MONOPHOSPHATE-9-BETA-D-RIBOFURANOSYL XANTHINE / キサンチル酸分子量: 365.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₄O₉P
#4: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶

マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.94 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium malonate, Tris, 2-mercaptoethanol, EDTA, glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	10-15 mg/ml	protein	1	drop
2	50 mM	Tris	1	drop	pH8.
3	50 mM		1	drop		KCl
4	10 %(v/v)	glycerol	1	drop
5	1 mM	2-mercaptoethanol	1	drop
6	2.4 M	ammonium sulfate	1	reservoir
7	100 mM	Tris	1	reservoir	pH8.0
8	10 %	glycerol	1	reservoir
9	4 mM	PEG400	1	reservoir
10	1 mM	2-mercaptoethanol	1	reservoir

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 34423 / Num. obs: 33857 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 28.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1604 / % possible all: 95.9
反射	PLUS Num. measured all: 734853 / R_merge(I) obs*: 0.08
反射シェル	PLUS 最低解像度: 2.28 Å / % possible obs: 95.9 % / R_merge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs*: 2.22

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解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	精密化
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 1AK5

解像度: 2.15→29.61 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Data cutoff high absF: 3426655.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	1768	5.2 %	RANDOM
R_work	0.224	-	-	-
all	-	35625	-	-
obs	-	33857	98.3 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 41.9441 Å² / k_sol: 0.384288 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.3 Å	0.26 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.28 Å	0.22 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2635	0	69	164	2868

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.9
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.77
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	0.78	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.41	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	0.9	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	1.48	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.28 Å / R_factor R_free error: 0.017 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	270	5 %
R_work	0.258	5092	-
obs	-	-	95.8 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	PARAM.GNSOL	XMPG.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	CIS_PEPTIDE.PARAM	NAD_PROD.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	XMPG.PAR	ION.TOP
X-RAY DIFFRACTION	5	NAD_PROD.PAR	TOPH.GNSOL

精密化

*PLUS

最低解像度: 20 Å / R_factor R_work: 0.223

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	23
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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