+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lme | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Peptide Deformylase from Thermotoga maritima | ||||||
要素 | peptide deformylaseペプチドデホルミラーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / thermophile (好熱菌) / PDF / peptide deformylase (ペプチドデホルミラーゼ) / metalloenzyme (金属タンパク質) / deformylation / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 co-translational protein modification / N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / ペプチドデホルミラーゼ / peptide deformylase activity / 翻訳 (生物学) / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Kreusch, A. / Spraggon, G. / Lee, C.C. / Klock, H. / McMullan, D. / Ng, K. / Shin, T. / Vincent, J. / Warner, I. / Ericson, C. ...Kreusch, A. / Spraggon, G. / Lee, C.C. / Klock, H. / McMullan, D. / Ng, K. / Shin, T. / Vincent, J. / Warner, I. / Ericson, C. / Lesley, S.A. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2003 タイトル: Structure analysis of peptide deformylases from streptococcus pneumoniae,staphylococcus aureus, thermotoga maritima, and pseudomonas aeruginosa: snapshots of the oxygen sensitivity of peptide deformylase 著者: Kreusch, A. / Spraggon, G. / Lee, C.C. / Klock, H. / McMullan, D. / Ng, K. / Shin, T. / Vincent, J. / Warner, I. / Ericson, C. / Lesley, S.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lme.cif.gz | 75.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1lme.ent.gz | 56.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lme.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/1lme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/1lme | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20563.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) プラスミド: pMH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P96113, ペプチドデホルミラーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.26 % | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: PEG 3350, potassium nitrate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→45.2 Å / Num. obs: 19503 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Num. unique all: 3137 / Rsym value: 0.327 / % possible all: 98.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.8 % / Rmerge(I) obs: 0.327 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BS4 解像度: 2.2→45.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.2696 Å2 / ksol: 0.379437 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.6 Å2
| ||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.19 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|