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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l1g | ||||||
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タイトル | The Structure of Porcine Pancreatic Elastase Complexed with Xenon and Bromide, Cryoprotected with Glycerol | ||||||
要素 | ELASTASE 1エラスターゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Xenon (キセノン) / Bromide (臭化物) / PPE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Panjikar, S. / Tucker, P.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Xenon derivatization of halide-soaked protein crystals. 著者: Panjikar, S. / Tucker, P.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1l1g.cif.gz | 65.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1l1g.ent.gz | 46.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1l1g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/1l1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/1l1g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 25929.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase |
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-非ポリマー , 6種, 225分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||||
#4: 化合物 | ChemComp-BR / #5: 化合物 | ChemComp-XE / | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.65 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 10 mM sodium acetate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
結晶化 | *PLUS 詳細: Shotton, D.M., (1968) J. Mol. Biol., 32, 155. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月29日 |
放射 | プロトコル: SAS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→35 Å / Num. all: 34589 / Num. obs: 34589 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.4 % / Biso Wilson estimate: 12.4 Å2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 35 Å / Num. obs: 66284 / % possible obs: 99 % / Num. measured all: 1017166 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.2 Å / 最低解像度: 1.22 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: PDB ENTRY 1QNJ 解像度: 1.5→35 Å / Isotropic thermal model: Individual / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HOH 1267 IS AN ALTERNATE CONFORMATION OF BR 267
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→35 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 35 Å / Rfactor all: 0.173 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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