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万見
- PDB-1kp8: Structural Basis for GroEL-assisted Protein Folding from the Crys... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kp8
タイトルStructural Basis for GroEL-assisted Protein Folding from the Crystal Structure of (GroEL-KMgATP)14 at 2.0 A Resolution
要素groEL proteinGroEL
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / chaperonin / GroEL / assisted protein folding
機能・相同性
機能・相同性情報


GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / フォールディング / response to heat ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / フォールディング / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily ...GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / Chaperonin GroEL
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural Basis for GroEL-assisted Protein Folding from the Crystal Structure of (GroEL-KMgATP)14 at 2.0 A Resolution
著者: Wang, J. / Boisvert, D.C.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: The 2.4 A Crystal Structure of the Bacterial Chaperonin GroEL Complexed with ATP Gamma S
著者: Boisvert, D.C. / Wang, J. / Otwinowski, Z. / Horwich, A.L. / Sigler, P.B.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: The Crystal Structure of the Bacterial Chaperonin GroEL at 2.8 A
著者: Braig, K. / Otwinowski, Z. / Hegde, R. / Boisvert, D.C. / Joachimiak, A. / Horwich, A.L. / Sigler, P.B.
#3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Conformational Variability in the Refined Structure of the Chaperonin GroEL at 2.8 A Resolution
著者: Braig, K. / Adams, P.D. / Brunger, A.T.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: The Crystal Structure of the Asymmetric GroEL-GroES-(ADP)7 Chaperonin Complex
著者: Xu, Z. / Horwich, A.L. / Sigler, P.B.
履歴
登録2001年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2003年3月25日ID: 1DER
改定 1.02003年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年3月26日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: groEL protein
B: groEL protein
C: groEL protein
D: groEL protein
E: groEL protein
F: groEL protein
G: groEL protein
H: groEL protein
I: groEL protein
J: groEL protein
K: groEL protein
L: groEL protein
M: groEL protein
N: groEL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)810,23080
ポリマ－799,82514
非ポリマー10,40566
水45,7762541
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area68470 Å2
ΔGint-768 kcal/mol
Surface area292780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.571, 260.112, 150.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 14分子 ABCDEFGHIJKLMN

#1: タンパク質
groEL protein / GroEL / 60 kDa chaperonin / Protein Cpn60 / groEL protein / AMS


分子量: 57130.379 Da / 分子数: 14 / 変異: R13G, A126V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6F5

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非ポリマー , 5種, 2607分子

#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.13 %
解説: The diffraction data used in remark 200 was extracted from PDB entry 1der.
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: Ranson, N.A., (1998) Biochem. J., 333, 233.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.95
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 646053 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. obs: 540791 / % possible obs: 99.1 % / Num. measured all: 645898 / Rmerge(I) obs: 0.096

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2→39.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 249116.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: This entry extends resolution from the previous 2.4A of PDB entry 1der to current 2.0A using the previous experimental data of 1der.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 10647 2 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs-540791 78.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.3657 Å2 / ksol: 0.352588 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 73.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.7 Å20 Å21.84 Å2
2---1.09 Å20 Å2
3---12.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.68 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数53970 0 574 2541 57085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.495 1190 1.9 %
Rwork0.519 60087 -
obs--53.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ATP.PARATP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION5SO4.PARSO4.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.2579 / Rfactor Rwork: 0.2428
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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