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- PDB-1kfl: Crystal structure of phenylalanine-regulated 3-deoxy-D-arabino-he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kfl
タイトルCrystal structure of phenylalanine-regulated 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase (DAHP synthase) from E.coli complexed with Mn2+, PEP, and Phe
要素3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
キーワードLYASE (リアーゼ) / beta/alpha barrel / allosteric inhibition (アロステリック効果) / feedback regulation (酵素阻害剤) / aromatic biosynthetic pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DAHP synthase, class 1 / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHOENOLPYRUVATE / フェニルアラニン / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Phe-sensitive / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Phe-sensitive
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shumilin, I.A. / Zhao, C. / Bauerle, R. / Kretsinger, R.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Allosteric inhibition of 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase alters the coordination of both substrates.
著者: Shumilin, I.A. / Zhao, C. / Bauerle, R. / Kretsinger, R.H.
履歴
登録2001年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
B: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
C: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
D: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
E: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
F: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
G: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
H: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,12048
ポリマ－307,4778
非ポリマー4,64240
水0
1
A: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
B: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
C: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
D: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,06024
ポリマ－153,7394
非ポリマー2,32120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19930 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area45670 Å2
手法PISA
2
E: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
F: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
G: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
H: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,06024
ポリマ－153,7394
非ポリマー2,32120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20030 Å2
ΔGint-221 kcal/mol
Surface area45470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)290.097, 90.097, 155.798
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.77, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a tetramer, two tetramers, ABCD and EFGH, reside in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase / E.C.4.1.2.15 / PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE / PHE-SENSITIVE / DAHP synthetase / phenylalanine ...PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE / PHE-SENSITIVE / DAHP synthetase / phenylalanine repressible / PHOSPHO-2-KETO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE


分子量: 38434.660 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aroG / プラスミド: pTTG6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB650 / 参照: UniProt: P00886, UniProt: P0AB91*PLUS, EC: 4.1.2.15
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#5: 化合物
ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸 / ホスホエノールピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: PEG 4000, lithium sulfate, manganese sulfate, phosphoenolpyruvate, phenylalanine, bis-tris-propane, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 58 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
112.0 mg/mlDAHPS1drop
23.3 mMPhe1drop
33.3 mMPEP1drop
41.7 mM1dropMnSO4
50.1 M1dropLi2SO4
612 %(w/v)PEG40001reservoir
750 mMbis-Tris-propane1reservoirpH8.1

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97165 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Sagitally focused Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97165 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 84564 / Num. obs: 84546 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 84564 / % possible obs: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.313

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
CNS精密化
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
直接法位相決定
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1QR7

1qr7


解像度: 2.8→20 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 2598 3.1 %random
Rwork0.218 ---
all0.219 84546 --
obs0.219 84545 100 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.34 Å20 Å2-5.4 Å2
2---11.657 Å20 Å2
3---8.317 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21411 0 264 0 21675
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 3 % / Rfactor all: 0.219 / Rfactor Rfree: 0.246 / Rfactor Rwork: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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