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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jx9 | ||||||
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タイトル | Penicillin Acylase, mutant | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Ntn-hydrolase fold / helices (螺旋) / beta-strands | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ペニシリンアミダーゼ / penicillin amidase activity / antibiotic biosynthetic process / ペリプラズム / response to antibiotic / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å | ||||||
データ登録者 | Hensgens, C.M.H. / Keizer, E. / Snijder, H.J. / Dijkstra, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2004 タイトル: Structural and kinetic studies on ligand binding in wild-type and active-site mutants of penicillin acylase. 著者: Alkema, W.B. / Hensgens, C.M. / Snijder, H.J. / Keizer, E. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jx9.cif.gz | 171.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jx9.ent.gz | 132 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jx9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/1jx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/1jx9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The unit cell and asymetric unit contain the alpha and beta subunit of PA which together form the biological relevant structure |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23838.822 Da / 分子数: 1 / 断片: alpha subunit of penicillin acylase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PAC / プラスミド: pEC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: P06875, ペニシリンアミダーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 62367.426 Da / 分子数: 1 / 断片: beta subunit of penicillin acylase / Mutation: V148L, F24A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PAC / プラスミド: pEC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: P06875, ペニシリンアミダーゼ |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.86 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: MOPS buffer, PEG MME 2k, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2020 / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→30 Å / Num. all: 32764 / Num. obs: 31355 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.3 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.163 / % possible all: 93.6 |
反射 | *PLUS Num. obs: 30372 / % possible obs: 95.1 % / Num. measured all: 193740 / Rmerge(I) obs: 0.068 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.6 % / Rmerge(I) obs: 0.163 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1PNK 解像度: 2.28→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 7.099 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.502 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.844 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→29.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.28 Å / Rfactor Rfree: 0.222 / Rfactor Rwork: 0.176 / Total num. of bins used: 20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.215 / Rfactor Rwork: 0.162 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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