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万見
- PDB-1jca: Non-standard Design of Unstable Insulin Analogues with Enhanced A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jca
タイトルNon-standard Design of Unstable Insulin Analogues with Enhanced Activity
要素
  • insulin a
  • insulin b
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / A8-Lysine human insulin / insulin receptor (インスリン受容体) / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of fatty acid metabolic process / Insulin processing / negative regulation of feeding behavior / regulation of protein secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of fatty acid metabolic process / Insulin processing / negative regulation of feeding behavior / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of dendritic spine maintenance / alpha-beta T cell activation / negative regulation of acute inflammatory response / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / fatty acid homeostasis / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of lipid biosynthetic process / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / regulation of protein localization to plasma membrane / COPI-mediated anterograde transport / negative regulation of lipid catabolic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / 小胞 / positive regulation of protein autophosphorylation / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein metabolic process / neuron projection maintenance / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of brown fat cell differentiation / activation of protein kinase B activity / positive regulation of glycolytic process / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of mitotic nuclear division / Regulation of insulin secretion / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / positive regulation of cytokine production / acute-phase response / positive regulation of protein secretion / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of glucose import / negative regulation of proteolysis / regulation of synaptic plasticity / wound healing / insulin receptor binding / negative regulation of protein catabolic process / positive regulation of neuron projection development / hormone activity / 認識 / Golgi lumen / vasodilation / positive regulation of protein localization to nucleus / glucose metabolic process / regulation of protein localization / glucose homeostasis / cell-cell signaling / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / 小胞体 / ゴルジ体 / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
インスリン / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Weiss, M.A. / Wan, Z. / Zhao, M. / Chu, Y.-C. / Nakagawa, S.H. / Burke, G.T. / Jia, W. / Hellmich, R. / Katsoyannis, P.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Non-standard insulin design: structure-activity relationships at the periphery of the insulin receptor.
著者: Weiss, M.A. / Wan, Z. / Zhao, M. / Chu, Y.C. / Nakagawa, S.H. / Burke, G.T. / Jia, W. / Hellmich, R. / Katsoyannis, P.G.
#1: ジャーナル: BIOPHYS.CHEM. / 年: 1994
タイトル: A Proposed Interaction Model of Insulin Molecules with its Receptor
著者: Liang, D.C. / Chang, W.R. / Wan, Z.L. / Vijayan, N.M.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Diabetes-associated Mutations in a beta-Cell Transcription Factor Destabilize an Antiparallel "mini-zipper" in a Dimerization Interface
著者: Hua, Q.X. / Zhao, M. / Narayana, N. / Nakagawa, S.H. / Jia, W. / Weiss, M.A.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: The Relationship Between Insulin Bioactivity and Structure in the NH2-terminal A-chain Helix
著者: Olsen, H.B. / Ludvigsen, S. / Kaarsholm, N.C.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Mapping the Functional Surface of Insulin by Design: Structure and Function of Novel A-chain Analogue
著者: Hua, Q.X. / Hu, S.Q. / Frank, B.H. / Jia, W. / Chu, Y.C. / Wang, S.H. / Burke, G.T. / Katsoyannis, P.G. / Weiss, M.A.
履歴
登録2001年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_remark ...database_2 / pdbx_database_remark / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 400COMPOUND The crystallographic asymmetric unit of insulin consists of two insulin monomers each ...COMPOUND The crystallographic asymmetric unit of insulin consists of two insulin monomers each consisting of two heterochains. The entry presents coordinates for monomer 1 (chain indicators A and B) and monomer 2 (chain indicators C and D). There are two zinc ions per insulin hexamer located on the three-fold axis. The conformations of two monomers are different as the result of a change in conformation of the first eight residues of the B-chain.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: insulin a
B: insulin b
C: insulin a
D: insulin b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8226
ポリマ－11,6914
非ポリマー1312
水64936
1
A: insulin a
B: insulin b
ヘテロ分子

A: insulin a
B: insulin b
ヘテロ分子

A: insulin a
B: insulin b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7339
ポリマ－17,5376
非ポリマー1963
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area10590 Å2
手法PISA
2
C: insulin a
D: insulin b
ヘテロ分子

C: insulin a
D: insulin b
ヘテロ分子

C: insulin a
D: insulin b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7339
ポリマ－17,5376
非ポリマー1963
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area10870 Å2
手法PISA
3
A: insulin a
B: insulin b
C: insulin a
D: insulin b
ヘテロ分子

A: insulin a
B: insulin b
C: insulin a
D: insulin b
ヘテロ分子

A: insulin a
B: insulin b
C: insulin a
D: insulin b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,46718
ポリマ－35,07412
非ポリマー3926
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area17590 Å2
ΔGint-263 kcal/mol
Surface area14280 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.652, 80.652, 37.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-41-

ZN

21D-42-

ZN

詳細The biological assembly is a hexamer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: -y, x-y, z and -x+y, -x, z.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド insulin a


分子量: 2411.774 Da / 分子数: 2 / 変異: T8K / 由来タイプ: 合成
詳細: This peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Homo sapiens (humans).
参照: UniProt: P01308
#2: タンパク質・ペプチド insulin b


分子量: 3433.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Homo sapiens (humans).
参照: UniProt: P01308
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.43 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Tris, sodium citrate, acetone, phenol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
Temp details: ambient
結晶化
*PLUS
pH: 7.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlprotein1drop
20.02 M1dropHCl
30.1 MTris-HCl1reservoir
40.1 Msodium citrate1reservoirpH7.8
50.02 %zinc acetate1reservoir
68 %acetate1reservoir
70.5 %phenol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→10 Å / Num. all: 3369 / Num. obs: 3169 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.16 / % possible all: 97.5
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.076

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1TRZ

1trz


解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 2 / σ(I): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 300 -RANDOM
Rwork0.204 ---
all-3213 --
obs-3160 89.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数803 0 2 36 841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.68
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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