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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1igj | ||||||
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タイトル | 26-10 FAB:DIGOXIN COMPLEX-AFFINITY AND SPECIFICITY DUE TO SURFACE COMPLEMENTARITY | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNOGLOBULIN (抗体) | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / ジゴキシン / : / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Jeffrey, P.D. / Sheriff, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993 タイトル: 26-10 Fab-digoxin complex: affinity and specificity due to surface complementarity. 著者: Jeffrey, P.D. / Strong, R.K. / Sieker, L.C. / Chang, C.Y. / Campbell, R.L. / Petsko, G.A. / Haber, E. / Margolies, M.N. / Sheriff, S. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983 タイトル: Crystallization of the Fab Fragment of a Monoclonal Anti-Digoxin Antibody and its Complex with Digoxin 著者: Rose, D.R. / Seaton, B.A. / Petsko, G.A. / Novotny, J. / Margolies, M.N. / Locke, E. / Haber, E. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1991 タイトル: Solution of a Fab (26-10)Digoxin Complex by Generalized Molecular Replacement 著者: Brunger, A.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1igj.cif.gz | 170.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1igj.ent.gz | 141.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1igj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/1igj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/1igj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES 8, 95, 141 OF THE A AND C CHAINS AND 149, 151, 200 OF THE B AND D CHAINS ARE CIS PROLINES. |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24057.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: A/J / 参照: PIR: S52028 #2: 抗体 | 分子量: 23307.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: A/J / 参照: PIR: S38950 #3: 化合物 | 非ポリマーの詳細 | DIGOXIN IS DIGOXIGENIN TRIDIGITOXOSIDE, HOWEVER, THERE IS NO ELECTRON DENSITY FOR THE OUTERMOST TWO ...DIGOXIN IS DIGOXIGENI | 配列の詳細 | THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E.KABAT (E.A.KABAT,T.T.WU,H.M.PERRY,K.S. ...THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.67 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 27121 / Num. measured all: 68345 / Rmerge(I) obs: 0.048 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | |||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.5→8 Å / Rfactor Rwork: 0.176 / σ(F): 1 詳細: CRYSTALS ARE TWINNED BY HEMI-MEROHEDRY SUCH THAT (H,K,L) REFLECTIONS FROM ONE LATTICE AND (H,K,-H-L) REFLECTIONS FROM THE OTHER LATTICE ARE SPATIALLY OVERLAPPED. TWIN FRACTION FOR CRYSTAL ...詳細: CRYSTALS ARE TWINNED BY HEMI-MEROHEDRY SUCH THAT (H,K,L) REFLECTIONS FROM ONE LATTICE AND (H,K,-H-L) REFLECTIONS FROM THE OTHER LATTICE ARE SPATIALLY OVERLAPPED. TWIN FRACTION FOR CRYSTAL WHOSE DATA THE MODEL WAS REFINED AGAINST WAS ESTIMATED AT 43%. THE FOLLOWING REGIONS OF THE HEAVY CHAINS (B AND D) WERE INCLUDED IN THE MODEL BUT HAVE POORLY DEFINED ELECTRON DENSITY: 25 - 31, 53 - 56, AND 127 - 137. | |||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 25135 / Rfactor Rwork: 0.174 | |||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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