+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hos | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | INHIBITION OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS-1 PROTEASE BY A C2-SYMMETRIC PHOSPHINATE SYNTHESIS AND CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS | ||||||
要素 | HIV-1 PROTEASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE(ACID PROTEINASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Abdel-Meguid, S. / Zhao, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Inhibition of human immunodeficiency virus-1 protease by a C2-symmetric phosphinate. Synthesis and crystallographic analysis. 著者: Abdel-Meguid, S.S. / Zhao, B. / Murthy, K.H. / Winborne, E. / Choi, J.K. / DesJarlais, R.L. / Minnich, M.D. / Culp, J.S. / Debouck, C. / Tomaszek Jr., T.A. / Meek, T.D. / Dreyer, G.B. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hos.cif.gz | 53.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1hos.ent.gz | 38.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hos.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/1hos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/1hos | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.508, -0.862, -0.004), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON THE *MTRIX* RECORDS BELOW YIELDS APPROXIMATE COORDINATES OF CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10803.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366 #2: 化合物 | ChemComp-PHP / ( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THERE ARE TWO ORIENTATIO | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 % | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 8213 / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 41859 / Rmerge(I) obs: 0.073 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.3→6 Å / Rfactor Rwork: 0.186 / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 7014 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|