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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hch | ||||||
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タイトル | Structure of horseradish peroxidase C1A compound I | ||||||
要素 | PEROXIDASE C1A | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PEROXIDASE (ペルオキシダーゼ) / HORSERADISH (ホースラディッシュ) / CATALYTIC INTERMEDIATE / COMPOUND I (シトクロムP450) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lactoperoxidase activity / ペルオキシダーゼ / 液胞 / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ARMORACIA RUSTICANA (セイヨウワサビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.57 Å | ||||||
データ登録者 | Berglund, G.I. / Carlsson, G.H. / Hajdu, J. / Smith, A.T. / Szoke, H. / Henriksen, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2002 タイトル: The Catalytic Pathway of Horseradish Peroxidase at High Resolution 著者: Berglund, G.I. / Carlsson, G.H. / Smith, A.T. / Szoke, H. / Henriksen, A. / Hajdu, J. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: The Structures of the Horseradish Peroxidase C-Ferulic Acid Complex and the Ternary Complex with Cyanide Suggest How Peroxidases Oxidize Small Phenolic Substrates 著者: Henriksen, A. / Smith, A.T. / Gajhede, M. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Crystal Structure of Horseradish Peroxidase C at 2.15 A Resolution 著者: Gajhede, M. / Schuller, D.J. / Henriksen, A. / Smith, A.T. / Poulos, T.L. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990 タイトル: Expression of a Synthetic Gene for Horseradish Peroxidase C in Escherichia Coli and Folding and Activation of the Recombinant Enzyme with Ca2+ and Heme 著者: Smith, A.T. / Santama, N. / Dacey, S. / Edwards, M. / Bray, R.C. / Thorneley, R.N. / Burke, J.F. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hch.cif.gz | 82.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hch.ent.gz | 65.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hch.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/1hch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/1hch | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1h55C 1h57C 1h58C 1h5aC 1h5cC 1h5dC 1h5eC 1h5fC 1h5gC 1h5hC 1h5iC 1h5jC 1h5kC 1h5lC 1h5mC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33746.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ARMORACIA RUSTICANA (セイヨウワサビ) 解説: SYNTHETIC GENE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00433, ペルオキシダーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 432分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-O / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 11 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 % 解説: STARTING MODEL FOR RIGID-BODY REFINEMENT WAS PDB ENTRY 7ATJ |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 20% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE AND 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.775 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.775 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.57→32.4 Å / Num. obs: 43097 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 2.95 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 86 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 / 解像度: 1.57→29.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1404574.37 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.286 Å2 / ksol: 0.363648 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.57→29.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.57→1.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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