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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h6p | ||||||
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タイトル | Dimeristion domain from human TRF2 | ||||||
要素 | TELOMERIC REPEAT BINDING FACTOR 2 | ||||||
キーワード | TELOMERE BINDING (テロメア) / TRF2 / TELOMERE (テロメア) / DIMERISATION / TRFH / DNA-BINDING / NUCLEAR PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 axonal transport of messenger ribonucleoprotein complex / negative regulation of beta-galactosidase activity / negative regulation of telomere single strand break repair / negative regulation of telomere maintenance via recombination / telomeric loop formation / negative regulation of telomere maintenance / negative regulation of telomere maintenance via semi-conservative replication / negative regulation of exonuclease activity / negative regulation of telomeric D-loop disassembly / protection from non-homologous end joining at telomere ...axonal transport of messenger ribonucleoprotein complex / negative regulation of beta-galactosidase activity / negative regulation of telomere single strand break repair / negative regulation of telomere maintenance via recombination / telomeric loop formation / negative regulation of telomere maintenance / negative regulation of telomere maintenance via semi-conservative replication / negative regulation of exonuclease activity / negative regulation of telomeric D-loop disassembly / protection from non-homologous end joining at telomere / negative regulation of telomere capping / RNA-templated DNA biosynthetic process / negative regulation of t-circle formation / telomeric D-loop disassembly / テロメア / Telomere C-strand synthesis initiation / double-stranded telomeric DNA binding / regulation of telomere maintenance via telomerase / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / nuclear telomere cap complex / positive regulation of telomere maintenance / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / anterograde axonal transport / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / regulation of telomere maintenance / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / telomeric DNA binding / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Telomere Extension By Telomerase / Packaging Of Telomere Ends / axon cytoplasm / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / telomere maintenance / male germ cell nucleus / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / 細胞老化 / in utero embryonic development / chromosome, telomeric region / nuclear body / 細胞周期 / negative regulation of gene expression / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / enzyme binding / protein homodimerization activity / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Chapman, L. / Fairall, L. / Rhodes, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001 タイトル: Structure of the Trfh Dimerization Domain of the Human Telomere Proteins Trf1 and Trf2 著者: Fairall, L. / Chapman, L. / Moss, H. / de Lange, T. / Rhodes, D. #1: ジャーナル: Nat.Genet. / 年: 1997 タイトル: Telomeric Localisation of Trf2, a Novel Human Telobox Protein 著者: Bilaud, T. / Brun, C. / Ancelin, K. / Koering, C.E. / Laroche, T. / Gilson, E. #2: ジャーナル: Nat.Genet. / 年: 1997 タイトル: Human Telomere Contain Two Distinct Myb-Related Proteins, Trf1 and Trf2 著者: Broccoli, D. / Smogorzewska, A. / Chong, L. / de Lange, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h6p.cif.gz | 88.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h6p.ent.gz | 66.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h6p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/1h6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/1h6p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.795, -0.0393, 0.6053), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23667.596 Da / 分子数: 2 / 断片: DIMERISATION DOMAIN RESIDUES 43-245 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞内の位置: NUCLEUS細胞核 / プラスミド: PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15554 #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: PH7.0, 15-20% PEG 8000, 100-200 MM MAGNESIUM ACETATE, pH 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→26.63 Å / Num. obs: 24415 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 43.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.231 / % possible all: 99.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 89685 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→23.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / ksol: 0.363168 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→23.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.24 |