PDB-3waz: Crystal structure of a restriction enzyme PabI in complex with DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3waz

タイトル

Crystal structure of a restriction enzyme PabI in complex with DNA

要素

DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*(ORP)P*CP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*GP*C)-3')
Putative uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE/DNA / Restriction enzyme / DNA binding / HYDROLASE-DNA complex

機能・相同性

R.Pab1 restriction endonuclease / ADENINE / DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus abyssi (古細菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Miyazono, K. / Miyakawa, T. / Ito, T. / Tanokura, M.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: A sequence-specific DNA glycosylase mediates restriction-modification in Pyrococcus abyssi.
著者: Miyazono, K. / Furuta, Y. / Watanabe-Matsui, M. / Miyakawa, T. / Ito, T. / Kobayashi, I. / Tanokura, M.

履歴

登録	2013年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / pdbx_entity_src_syn ...citation / pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3waz.ent.gz	188.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/3waz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/3waz	HTTPS FTP

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関連構造データ

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ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
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登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

C: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*(ORP)P*CP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*GP*C)-3')

D: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*(ORP)P*CP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*GP*C)-3')

ヘテロ分子

63 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.508, 151.402, 187.697
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / Restriction enzyme PabI 分子量: 25340.135 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 8-226 / 変異: K154A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 株: GE5 / 遺伝子: PYRAB01580, PAB0105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V2B6
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(GPCPAPTPAPGPCPTPGPTP(ORP)PCPAPGPCPTPAPTPGPC)-3') 分子量: 6016.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE 分子量: 135.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.22 % / Mosaicity: 0 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.1M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→117.843 Å / Num. all: 30063 / Num. obs: 30063 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 17.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
3-3.16	7.5	0.67	0.623	1.2	32737	4349	0.243	0.67	0.623	3.4	100
3.16-3.35	7.5	0.335	0.312	2.5	31115	4137	0.122	0.335	0.312	6.2	100
3.35-3.59	7.5	0.219	0.204	3.8	28978	3861	0.08	0.219	0.204	9.3	100
3.59-3.87	7.5	0.16	0.149	5.1	27143	3625	0.059	0.16	0.149	12.7	100
3.87-4.24	7.4	0.097	0.09	8.3	24821	3345	0.036	0.097	0.09	18.9	100
4.24-4.74	7.3	0.065	0.06	11.9	22141	3036	0.024	0.065	0.06	27	100
4.74-5.48	7.2	0.056	0.052	13.4	19308	2693	0.021	0.056	0.052	29.5	100
5.48-6.71	7	0.054	0.05	14.7	16027	2282	0.02	0.054	0.05	30.2	100
6.71-9.49	6.8	0.041	0.037	15.1	12341	1819	0.016	0.041	0.037	38.2	100
9.49-19.942	6.3	0.033	0.03	17	5734	916	0.013	0.033	0.03	46	89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2DVY

2dvy

解像度: 3→19.942 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / FOM work R set: 0.8485 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.194	1524	5.08 %
R_work	0.1689	-	-
obs	0.1703	30004	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 196.74 Å² / B_iso mean: 87.1906 Å² / B_iso min: 40.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→19.942 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3522	796	20	0	4338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4515
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.674	6262
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	695
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	659
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.984	1756

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3-3.0965	0.3501	142	0.3033	2554	2696	100
3.0965-3.2067	0.3288	142	0.2592	2560	2702	100
3.2067-3.3346	0.2241	127	0.2206	2508	2635	99
3.3346-3.4856	0.2496	154	0.1966	2563	2717	99
3.4856-3.6683	0.2268	137	0.1846	2562	2699	100
3.6683-3.8965	0.1991	123	0.1661	2612	2735	100
3.8965-4.1948	0.1638	113	0.1501	2602	2715	100
4.1948-4.6122	0.1394	137	0.1242	2578	2715	100
4.6122-5.2688	0.164	141	0.1347	2617	2758	100
5.2688-6.5979	0.1979	142	0.1629	2637	2779	100
6.5979-19.9422	0.1706	166	0.165	2687	2853	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7954	-3.1051	0.4078	8.9273	0.4701	1.2948	-0.0076	-0.4557	-0.0577	0.7553	0.1858	-0.3088	0.0108	0.2516	-0.1578	0.6145	-0.0226	-0.1034	0.5902	0.0338	0.3427	54.1336	54.2571	22.0201
2	1.5543	0.1823	0.0842	4.5011	1.053	1.7139	-0.0104	0.1012	0.1621	0.1922	-0.007	0.1539	-0.0309	-0.0447	0.0547	0.4546	0.0205	0.0166	0.5643	0.0697	0.3121	44.9204	51.6386	13.6632
3	4.3815	3.1795	-2.4397	6.8444	-2.645	4.0095	0.1906	0.653	2.0133	0.2011	0.9134	0.7178	-0.3619	-1.3497	-1.276	1.2	0.2344	0.4772	1.4783	0.1873	1.0468	20.3199	42.962	38.1385
4	3.3513	0.7244	1.92	1.5723	-0.0881	3.1923	-0.0316	-1.1683	-0.3823	1.1628	0.0531	-0.1453	0.0811	-0.1064	-0.0538	0.8957	0.0675	-0.0774	0.772	0.098	0.5784	50.6283	34.2271	33.6316
5	7.2081	-5.7062	0.4142	8.5016	0.0901	2.076	-0.0837	-0.1629	-0.6552	0.3113	0.2086	1.1535	0.5397	-0.543	-0.1435	0.6844	-0.1596	0.198	0.6937	0.0395	0.7497	31.8434	19.9369	20.2903
6	1.1894	-0.7343	0.2511	5.5136	-0.4281	2.1099	-0.0489	0.0924	-0.2894	0.1681	-0.0341	0.5114	0.3092	-0.2049	0.1135	0.4446	-0.0162	0.0197	0.5431	0.0124	0.435	41.5421	22.7002	12.9841
7	9.7043	-2.506	6.683	8.527	-6.3766	2.2893	0.7545	-1.1176	-1.7586	0.7319	0.5238	0.3729	-0.246	0.3718	-1.2303	0.9777	0.2222	-0.1324	1.1903	0.0367	0.521	56.0524	36.0589	35.3513
8	4.9581	-2.9602	-5.92	2.6125	4.3296	8.0908	-0.6187	-0.7633	-0.205	1.186	0.2077	0.6447	1.1267	-0.4135	0.4211	0.8818	0.134	0.3165	1.0391	0.1621	0.8147	26.6501	38.4708	34.7061
9	-0.0066	-0.0024	-0.0094	-0.0006	-0.002	0.0026	0.3191	0.7719	0.116	-0.8721	-0.2729	-0.168	-0.206	-0.4561	-0.2	1.6406	0.2423	0.3426	0.9549	0.0977	0.686	42.9962	37.0393	20.3341

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 8:92 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 93:223 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C AND (RESID 1:5 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN C AND (RESID 6:20 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 8:92 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 93:224 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN D AND (RESID 1:10 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN D AND (RESID 12:20 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND (RESID 301:301 )) OR (CHAIN B AND (RESID 301:301))

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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