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Yorodumi- PDB-3waz: Crystal structure of a restriction enzyme PabI in complex with DNA -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3waz | ||||||
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Title | Crystal structure of a restriction enzyme PabI in complex with DNA | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA / Restriction enzyme / DNA binding / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Restriction endonuclease, type II, Pab1 / R.Pab1 restriction endonuclease / ADENINE / DNA / DNA (> 10) / Restriction endonuclease type II Pab1 domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Pyrococcus abyssi (archaea) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | Miyazono, K. / Miyakawa, T. / Ito, T. / Tanokura, M. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2014 Title: A sequence-specific DNA glycosylase mediates restriction-modification in Pyrococcus abyssi. Authors: Miyazono, K. / Furuta, Y. / Watanabe-Matsui, M. / Miyakawa, T. / Ito, T. / Kobayashi, I. / Tanokura, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3waz.cif.gz | 237.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3waz.ent.gz | 188.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3waz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/3waz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/3waz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2dvyS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25340.135 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 8-226 / Mutation: K154A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrococcus abyssi (archaea) / Strain: GE5 / Gene: PYRAB01580, PAB0105 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9V2B6 #2: DNA chain | Mass: 6016.867 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.92 Å3/Da / Density % sol: 79.22 % / Mosaicity: 0 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 2.1M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NE3A / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jun 20, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3→117.843 Å / Num. all: 30063 / Num. obs: 30063 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7.3 % / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 17.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2DVY Resolution: 3→19.942 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / FOM work R set: 0.8485 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.5 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 196.74 Å2 / Biso mean: 87.1906 Å2 / Biso min: 40.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→19.942 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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