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- PDB-1gx2: Recombinant horseradish peroxidase Phe209Ser complex with benzhyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gx2
タイトルRecombinant horseradish peroxidase Phe209Ser complex with benzhydroxamic acid
要素PEROXIDASE C1A
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PEROXIDASE (ペルオキシダーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


lactoperoxidase activity / ペルオキシダーゼ / 液胞 / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Plant peroxidase / Secretory peroxidase / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. ...Plant peroxidase / Secretory peroxidase / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / ペルオキシダーゼ / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZHYDROXAMIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Peroxidase C1A
類似検索 - 構成要素
生物種ARMORACIA RUSTICANA (セイヨウワサビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Meno, K. / Gajhede, M. / Henriksen, A.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Hrpc Heme Crevice Architecture
著者: Henriksen, A. / Brissett, N. / Meno, K. / Mirza, O. / Gajhede, M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: The Structures of the Horseradish Peroxidase C-Ferulic Acid Complex and the Ternary Complex with Cyanide Suggest How Peroxidases Oxidize Small Phenolic Substrates
著者: Henriksen, A. / Smith, A.T. / Gajhede, M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structural Interactions between Horseradish Peroxidase C and the Substrate Benzhydroxamic Acid Determined by X-Ray Crystallography
著者: Henriksen, A. / Schuller, D.J. / Meno, K. / Welinder, K.G. / Smith, A.T. / Gajhede, M.
#3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal Structure of Horseradish Peroxidase C at 2.15 A Resolution
著者: Gajhede, M. / Schuller, D.J. / Henriksen, A. / Smith, A.T. / Poulos, T.L.
履歴
登録2002年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXIDASE C1A
B: PEROXIDASE C1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,70610
ポリマ－68,0382
非ポリマー1,6688
水6,702372
1
A: PEROXIDASE C1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8535
ポリマ－34,0191
非ポリマー8344
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PEROXIDASE C1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8535
ポリマ－34,0191
非ポリマー8344
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.036, 62.298, 78.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PEROXIDASE C1A


分子量: 34019.246 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARMORACIA RUSTICANA (セイヨウワサビ)
解説: SYNTHETIC GENE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00433, ペルオキシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-BHO / BENZHYDROXAMIC ACID / ベンゾヒドロキサム酸


分子量: 137.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO2
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION: RESIDUE PHE (179) SER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.78 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→37.92 Å / Num. obs: 113464 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 4.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.391 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ATJ

2atj


解像度: 2.2→37.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 12108 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 3375 9.9 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.178 33937 94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.4833 Å2 / ksol: 0.339209 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20 Å2-0.28 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3----0.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4762 0 110 372 5244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.09
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.242.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 530 9.9 %
Rwork0.229 4798 -
obs--90.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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