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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gwt | ||||||
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タイトル | RECOMBINANT HORSERADISH PEROXIDASE C1A PHE221MET | ||||||
要素 | PEROXIDASE C1A | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PEROXIDASE (ペルオキシダーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lactoperoxidase activity / ペルオキシダーゼ / 液胞 / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ARMORACIA RUSTICANA (セイヨウワサビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Henriksen, A. / Brissett, N. / Gajhede, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Hrpc Heme Crevice Architecture 著者: Henriksen, A. / Brissett, N. / Meno, K. / Mirza, O. / Gajhede, M. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: The Structures of the Horseradish Peroxidase C-Ferulic Acid Complex and the Ternary Complex with Cyanide Suggest How Peroxidases Oxidize Small Phenolic Substrates 著者: Henriksen, A. / Smith, A.T. / Gajhede, M. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Structural Interactions between Horseradish Peroxidase C and the Substrate Benzhydroxamic Acid Determined by X-Ray Crystallography 著者: Henriksen, A. / Schuller, D.J. / Meno, K. / Welinder, K.G. / Smith, A.T. / Gajhede, M. #3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Crystal Structure of Horseradish Peroxidase C at 2.15 A Resolution 著者: Gajhede, M. / Schuller, D.J. / Henriksen, A. / Smith, A.T. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gwt.cif.gz | 89.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gwt.ent.gz | 64.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gwt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/1gwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/1gwt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34063.363 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ARMORACIA RUSTICANA (セイヨウワサビ) 解説: SYNTHETIC GENE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00433, ペルオキシダーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 414分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | ChemComp-FER / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 % |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 16% (W/V) PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE AND 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.9831 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月15日 / 詳細: VERTICALLY FOCUSING CYLINDRICAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9831 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→12.95 Å / Num. obs: 174247 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.214 / % possible all: 74.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 7ATJ 解像度: 1.7→12.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 427835.59 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.4638 Å2 / ksol: 0.402198 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→12.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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