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- PDB-1g5l: CO(III)-BLEOMYCIN-OOH BOUND TO AN OLIGONUCLEOTIDE CONTAINING A PH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g5l
タイトルCO(III)-BLEOMYCIN-OOH BOUND TO AN OLIGONUCLEOTIDE CONTAINING A PHOSPHOGLYCOLATE LESION
要素
  • 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*GP*G)-3'
  • 5'-D(P*AP*CP*TP*GP*GP*G)-3'
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / damaged DNA / DNA-drug complex / intercalation
機能・相同性COBALT (III) ION / BLEOMYCIN B2 / 酸素 / 過酸化水素 / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Hoehn, S.T. / Junker, H.-D. / Bunt, R.C. / Turner, C.J. / Stubbe, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Solution structure of Co(III)-bleomycin-OOH bound to a phosphoglycolate lesion containing oligonucleotide: implications for bleomycin-induced double-strand DNA cleavage.
著者: Hoehn, S.T. / Junker, H.D. / Bunt, R.C. / Turner, C.J. / Stubbe, J.
履歴
登録2000年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*G)-3'
B: 5'-D(P*AP*CP*TP*GP*GP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2868
ポリマ－7,5943
非ポリマー1,6915
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10all calculated structures submitted
代表モデル

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 ABC

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*G)-3'


分子量: 1802.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(P*AP*CP*TP*GP*GP*G)-3'


分子量: 1849.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*GP*G)-3'


分子量: 3942.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 5種, 5分子

#4: 化合物 ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸


分子量: 156.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H5O6P
#5: 化合物 ChemComp-3CO / COBALT (III) ION / コバルト


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#6: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / 水 / 酸素


分子量: 15.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#7: 化合物 ChemComp-BLB / BLEOMYCIN B2


分子量: 1426.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H85N20O21S2
#8: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE / 過酸化水素


分子量: 34.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131PE-COSY
242WATERGATE-NOESY
15131P-HCOSY
16113C-HSQC
171ROESY
NMR実験の詳細Text: DNA was synthesized as a double hairpin, but for modeling purposed was treated as two strands of DNA; the hexaethylene glycol spacers were not included in the modeling

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.25 mM drug-DNA complex; 40 mM sodium phosphate bufferD2O
21.25 mM drug-DNA complex; 40 mM sodium phosphate buffer90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
140 mM sodium phosphate buffer 6.8 ambient 293 K
240 mM sodium phosphate buffer 6.8 ambient 278 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Home-built home builtHome-builthome built7501
Home-built home builtHome-builthome built6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix95MSI解析
X-PLOR3.851Brunger構造決定
Felix95MSIデータ解析
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 729 NOE-derived distance constraints and 96 dihedral angle restraints.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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