[日本語] English
万見
- PDB-1g29: MALK -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g29
タイトルMALK
要素MALTOSE TRANSPORT PROTEIN MALK
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / ATPase (ATPアーゼ) / active transport (能動輸送) / maltose uptake and regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type maltose transporter / ABC-type maltose transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
MalK, OB fold domain / MalK OB fold domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Nucleic acid-binding proteins / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...MalK, OB fold domain / MalK OB fold domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Nucleic acid-binding proteins / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Βバレル / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-ジオキサン / アンモニウム / PYROPHOSPHATE 2- / Trehalose/maltose import ATP-binding protein MalK
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus litoralis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Diederichs, K. / Diez, J. / Greller, G. / Mueller, C. / Breed, J. / Schnell, C. / Vonrhein, C. / Boos, W. / Welte, W.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of MalK, the ATPase subunit of the trehalose/maltose ABC transporter of the archaeon Thermococcus litoralis.
著者: Diederichs, K. / Diez, J. / Greller, G. / Muller, C. / Breed, J. / Schnell, C. / Vonrhein, C. / Boos, W. / Welte, W.
履歴
登録2000年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: MALTOSE TRANSPORT PROTEIN MALK
2: MALTOSE TRANSPORT PROTEIN MALK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,65359
ポリマ－83,7172
非ポリマー1,93657
水7,134396
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9800 Å2
ΔGint-377 kcal/mol
Surface area34030 Å2
手法PISA
2
1: MALTOSE TRANSPORT PROTEIN MALK
ヘテロ分子

1: MALTOSE TRANSPORT PROTEIN MALK
ヘテロ分子

2: MALTOSE TRANSPORT PROTEIN MALK
ヘテロ分子

2: MALTOSE TRANSPORT PROTEIN MALK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,306118
ポリマ－167,4344
非ポリマー3,872114
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_646-x+3/2,y-1/2,-z+11
crystal symmetry operation4_456x-1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area21200 Å2
ΔGint-895 kcal/mol
Surface area66700 Å2
手法PISA
3
1: MALTOSE TRANSPORT PROTEIN MALK
ヘテロ分子

2: MALTOSE TRANSPORT PROTEIN MALK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,65359
ポリマ－83,7172
非ポリマー1,93657
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_646-x+3/2,y-1/2,-z+11
Buried area9630 Å2
ΔGint-434 kcal/mol
Surface area34320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.718, 65.705, 77.912
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 12

#1: タンパク質 MALTOSE TRANSPORT PROTEIN MALK / MALK


分子量: 41858.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus litoralis (古細菌) / 遺伝子: MALK / プラスミド: PGG200 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9YGA6

-
非ポリマー , 7種, 453分子

#2: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- / ピロリン酸塩


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#7: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.79 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2M ammonium sulfate, 5% dioxane, 100mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11 mMprotein1drop
21 mMADP1drop
42 Mammonium sulfate1reservoir
55 %dioxane1reservoir
6100 mMTris-HCl1reservoir
3reservoir1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8424 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8424 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→34.26 Å / Num. all: 82679 / Num. obs: 82679 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Limit h max: 102 / Limit h min: 0 / Limit k max: 35 / Limit k min: 0 / Limit l max: 41 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 4524403.2 / Observed criterion F min: 12.92 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 1.86→1.88 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 2430 / Rsym value: 0.235 / % possible all: 93.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.8 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS1精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→34.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.67 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1552 2 %random
Rwork0.211 ---
all-78040 --
obs-77441 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 41.6539 Å2 / ksol: 0.382079 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 82.58 Å2 / Biso mean: 31.76 Å2 / Biso min: 7.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.36 Å20 Å20 Å2
2--6.89 Å20 Å2
3----5.53 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
waterX-RAY DIFFRACTIONisotropic
nonpolymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.14 Å
Luzzati d res high-1.9
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5878 0 88 396 6362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg24.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.07
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.471.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.272
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.462
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.712.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection Rfree: 2 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.9-1.990.2551930.25493450.0189655953898.8
1.99-2.090.2061930.20692970.0159608949098.8
2.09-2.220.2031910.20494310.0159701962299.2
2.22-2.390.2251920.22593890.0169664958199.1
2.39-2.630.1921900.19194690.0149734965999.2
2.63-3.020.2021950.20194920.0149752968799.3
3.02-3.80.2061950.20795410.0159817973699.2
3.8-34.260.2172030.21699250.015101901012899.4
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION2pop.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4ion.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5dox.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_5
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る