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- PDB-3t8l: Crystal Structure of adenine deaminase with Mn/Fe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t8l
タイトルCrystal Structure of adenine deaminase with Mn/Fe
要素Adenine deaminase 2
キーワードHYDROLASE / PSI-2 / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Amidohydrolase / Nucleotide binding / TIM Barrel / alpha/beta / Adenine Deaminase / Adenine
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine deaminase / adenine deaminase activity / adenine catabolic process
類似検索 - 分子機能
Adenine deaminase / Adenine deaminase C-terminal domain / Adenine deaminase C-terminal domain / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase ...Adenine deaminase / Adenine deaminase C-terminal domain / Adenine deaminase C-terminal domain / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenine deaminase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / Difference Fourier / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bagaria, A. / Kumaran, D. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: The catalase activity of diiron adenine deaminase.
著者: Kamat, S.S. / Holmes-Hampton, G.P. / Bagaria, A. / Kumaran, D. / Tichy, S.E. / Gheyi, T. / Zheng, X. / Bain, K. / Groshong, C. / Emtage, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / ...著者: Kamat, S.S. / Holmes-Hampton, G.P. / Bagaria, A. / Kumaran, D. / Tichy, S.E. / Gheyi, T. / Zheng, X. / Bain, K. / Groshong, C. / Emtage, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / Lindahl, P.A. / Raushel, F.M.
履歴
登録2011年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Database references
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenine deaminase 2
B: Adenine deaminase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,1398
ポリマ－130,1392
非ポリマー06
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area39510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.543, 131.171, 69.284
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Dimer

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要素

#1: タンパク質 Adenine deaminase 2 / Adenase 2 / Adenine aminase 2


分子量: 65069.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: C58 / 遺伝子: ade2, adeC, AGR_L_883, Atu4426 / プラスミド: pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CUX4, adenine deaminase
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細UNX indicates MN or FE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES 7.5, 25% (w/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 26874 / Num. obs: 26874 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.175
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: Difference Fourier
開始モデル: PDB entry 3NQB

3nqb


解像度: 2.8→48.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 19.677 / SU ML: 0.387 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.503 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, the selenomets are disodered
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30067 1362 5.1 %RANDOM
Rwork0.17418 ---
obs0.18058 25427 99.69 %-
all-25427 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.749 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å2-0.02 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8672 0 6 83 8761
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0480.0228834
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.3981.96312021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.70851172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.12923.39354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.896151385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6171572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2070.21401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.026702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.290.24619
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3480.25964
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2418
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0980.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2640.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0581.56021
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.75229256
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9833169
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8634.52764
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 90 -
Rwork0.238 1836 -
obs--99.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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