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- PDB-1f2s: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN BOVINE BETA-TRYPS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f2s
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN BOVINE BETA-TRYPSIN AND MCTI-A, A TRYPSIN INHIBITOR OF SQUASH FAMILY AT 1.8 A RESOLUTION
要素
  • TRYPSIN INHIBITOR A
  • TRYPSINトリプシン
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEINASE-INHIBITOR COMPLEX / TRYPSIN (トリプシン) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


トリプシン / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / 消化 / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I7, squash / Squash family serine protease inhibitor / Squash family of serine protease inhibitors signature. / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. ...Proteinase inhibitor I7, squash / Squash family serine protease inhibitor / Squash family of serine protease inhibitors signature. / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease 1 / Trypsin inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Momordica charantia (ゴーヤ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Zhu, Y. / Huang, Q. / Qian, M. / Jia, Y. / Tang, Y.
引用
ジャーナル: J.Protein Chem. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the complex formed between bovine beta-trypsin and MCTI-A, a trypsin inhibitor of squash family, at 1.8-A resolution.
著者: Zhu, Y. / Huang, Q. / Qian, M. / Jia, Y. / Tang, Y.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: REFINED 1.6A RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN PORCINE BETA-TRYPSIN AND MCTI-A, A TRYPSIN INHIBITOR OF THE SQUASH FAMILY
著者: Huang, Q. / Liu, S. / Tang, Y.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1992
タイトル: AMINO ACID SEQUENCING OF A TRYPSIN INHIBITOR BY REFINED 1.6A X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF ITS COMPLEX WITH PORCINE BETA-TRYPSIN
著者: Huang, Q. / Liu, S. / Tang, Y. / Zeng, F. / Qian, R.
履歴
登録2000年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2000年5月31日ID: 1MCU
改定 1.02000年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: TRYPSIN
I: TRYPSIN INHIBITOR A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6163
ポリマ－26,5762
非ポリマー401
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area10140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.76, 55.55, 74.47
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TRYPSIN / トリプシン


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PANCREATIC / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREATIC膵臓 / 参照: UniProt: P00760, トリプシン
#2: タンパク質・ペプチド TRYPSIN INHIBITOR A


分子量: 3251.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SEED / 由来: (天然) Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: P10295
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: PEG6000, soduim phosphate buffer, pH 5.10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 5
詳細: drop consists of equal volume of protein and precipitant solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
112.8 mg/mlbeta-trypsin1drop
22.2 mg/mlMCTI-A1drop
311 mMTris-HCl1drop
410 mM1dropHAc
50.1 Msodium phosphate1reservoirprecipitant
620 %PEG60001reservoirprecipitant

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→75 Å / Num. all: 23032 / Num. obs: 20741 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.79→1.86 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Num. unique all: 1607 / % possible all: 63.4
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 63.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PPE

1ppe


解像度: 1.79→7 Å / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1995 -RANDOM
Rwork0.177 ---
all0.181 20277 --
obs0.181 20277 86.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1847 0 1 207 2055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg26.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.16
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION3PARDNA.PROTOPDNA.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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