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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ema | ||||||
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タイトル | GREEN FLUORESCENT PROTEIN FROM AEQUOREA VICTORIA | ||||||
要素 | GREEN FLUORESCENT PROTEIN | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN / BETA-BARREL / AUTOCATALYTIC / FLUOROPHORE / BIOLUMINESCENSE FLUORESCENT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / MIR/SAD / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Ormo, M. / Remington, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of the Aequorea victoria green fluorescent protein. 著者: Ormo, M. / Cubitt, A.B. / Kallio, K. / Gross, L.A. / Tsien, R.Y. / Remington, S.J. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1995 タイトル: Improved Green Fluorescence 著者: Heim, R. / Cubitt, A.B. / Tsien, R.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ema.cif.gz | 59.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ema.ent.gz | 43.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ema.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ema_validation.pdf.gz | 374.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ema_full_validation.pdf.gz | 381.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ema_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ema_validation.cif.gz | 10.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/1ema ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/1ema | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27226.754 Da / 分子数: 1 / 変異: 65 - 67 REPLACED BY CRO, Q80R / 由来タイプ: 組換発現 詳細: THE PROTEIN CONTAINS SIX SE-METHIONINES. OF THESE, THE N-TERMINAL MET AND MET 233 ARE NOT PRESENT IN THE ENTRY 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 解説: THE N-TERMINAL HIS-TAG HAS BEEN REMOVED / 器官: LEAVES / プラスミド: PRSETB (INVITROGEN) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 (DE3) / 参照: UniProt: P42212 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE FLUOROPHORE (CRO) IS GENERATED BY AN AUTOCATALYTIC CYCLIZATION OF THE POLYPEPTIDE BACKBONE ...THE FLUOROPHOR |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.2 詳細: 22-26% PEG 4000, 50 MM HEPES PH 8.0-8.4, 50 MM MGCL2, 10 MM 2-MERCAPTOETHANOL, 5-7 MG PROTEIN, pH 8.2 PH範囲: 8.0-8.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月28日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 17676 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.45 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MIR/SAD / 解像度: 1.9→20 Å / Isotropic thermal model: TNT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT 詳細: THE FINAL (FO-FC) DENSITY SHOWS LARGE DIFFERENCE FEATURES LOCATED AROUND THE MAIN CHAIN PART OF THE FLUOROPHORE THAT ORIGINATES FROM RESIDUES THR 65 AND GLY 67. THE DIFFERENCE DENSITIES ALSO ...詳細: THE FINAL (FO-FC) DENSITY SHOWS LARGE DIFFERENCE FEATURES LOCATED AROUND THE MAIN CHAIN PART OF THE FLUOROPHORE THAT ORIGINATES FROM RESIDUES THR 65 AND GLY 67. THE DIFFERENCE DENSITIES ALSO AFFECT THE ATOMIC-POSITION REFINEMENT OF VAL 68. THE DIFFERENCE FEATURES MIGHT BE EXPLAINED AS A SUBSET (<30%) OF MOLECULES THAT HAS FAILED TO UNDERGO THE COMPLETE FORMATION OF THE FLUOROPHORE. THE LOOP RESIDUES 157 AND 158 ARE DISORDERED. A NUMBER OF SURFACE RESIDUES HAVE TRUNCATED SIDE CHAINS DUE TO WEAK OR NO DENSITY.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 300 Å2 / ksol: 0.8 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5-F / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 24.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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