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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1.0E+28 | ||||||
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タイトル | Nonstandard peptide binding of HLA-B*5101 complexed with HIV immunodominant epitope KM2(TAFTIPSI) | ||||||
要素 |
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キーワード | HLA B51 / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / MHC CLASS I (MHCクラスI分子) / HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / retina homeostasis / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / regulation of membrane depolarization / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity ...: / : / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / retina homeostasis / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / regulation of membrane depolarization / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / HIV-1 retropepsin / : / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / retroviral ribonuclease H / defense response / exoribonuclease H / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / : / MHC class I peptide loading complex / exoribonuclease H activity / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / host multivesicular body / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / DNA integration / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / 逆転写酵素 / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / peptide antigen binding / establishment of integrated proviral latency / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / RNA-directed DNA polymerase activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / Interferon alpha/beta signaling / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / positive regulation of protein binding / ER-Phagosome pathway / antibacterial humoral response / iron ion transport / protein-folding chaperone binding / protein refolding / early endosome membrane / viral nucleocapsid / protein homotetramerization / DNA recombination / cellular response to lipopolysaccharide / intracellular iron ion homeostasis / defense response to Gram-negative bacterium / amyloid fibril formation / 獲得免疫系 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Maenaka, K. / Maenaka, T. / Tomiyama, H. / Takiguchi, M. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Immunol. / 年: 2000 タイトル: Nonstandard peptide binding revealed by crystal structures of HLA-B*5101 complexed with HIV immunodominant epitopes. 著者: Maenaka, K. / Maenaka, T. / Tomiyama, H. / Takiguchi, M. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e28.cif.gz | 87.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e28.ent.gz | 67.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e28.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/1e28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/1e28 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32077.340 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR RESIDUES 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞内の位置: CELL SURFACE細胞膜 / プラスミド: PGMT7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P18464, UniProt: P01889*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR RESIDUES 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHN1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XA90 / 参照: UniProt: P01884, UniProt: P61769*PLUS |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 848.983 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR RESIDUES 282-289 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: P12499 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.97 |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→25 Å / Num. obs: 38887 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 64.5 |
反射 | *PLUS Num. obs: 8737 / Num. measured all: 38887 / Rmerge(I) obs: 0.12 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 64.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: HLA B53 解像度: 3→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.272 |