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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dqm | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ANTI-LYSOZYME ANTIBODY | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody (抗体) / hen egg white lysozyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Fc-gamma receptor I complex binding / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell differentiation / antibacterial humoral response / extracellular space / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Mariuzza, R.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Three-dimensional structures of the free and antigen-bound Fab from monoclonal antilysozyme antibody HyHEL-63(,). 著者: Li, Y. / Li, H. / Smith-Gill, S.J. / Mariuzza, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dqm.cif.gz | 100.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dqm.ent.gz | 79 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dqm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/1dqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/1dqm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a heterodimer composed of heavy and light chains. |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23583.869 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 2950241, UniProt: P01837*PLUS |
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#2: 抗体 | 分子量: 22556.023 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01863*PLUS |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.42 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 8000, KH2PO4, Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→100 Å / Num. all: 26702 / Num. obs: 88367 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 18.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / % possible all: 67.3 |
反射 | *PLUS Num. obs: 26702 / Num. measured all: 88367 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 67.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→100 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→100 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS' / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.269 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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