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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dlr | ||||||
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タイトル | METHOTREXATE-RESISTANT VARIANTS OF HUMAN DIHYDROFOLATE REDUCTASE WITH SUBSTITUTION OF LEUCINE 22: KINETICS, CRYSTALLOGRAPHY AND POTENTIAL AS SELECTABLE MARKERS | ||||||
要素 | DIHYDROFOLATE REDUCTASEジヒドロ葉酸レダクターゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / OXIDO-REDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / sequence-specific mRNA binding / response to methotrexate / dihydrofolate metabolic process / axon regeneration / folic acid binding / G1/S-Specific Transcription ...regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / sequence-specific mRNA binding / response to methotrexate / dihydrofolate metabolic process / axon regeneration / folic acid binding / G1/S-Specific Transcription / folic acid metabolic process / glycine biosynthetic process / ジヒドロ葉酸レダクターゼ / dihydrofolate reductase activity / NADPH binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / tetrahydrofolate biosynthetic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / one-carbon metabolic process / NADP binding / negative regulation of translation / mRNA binding / ミトコンドリア / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995 タイトル: Methotrexate-resistant variants of human dihydrofolate reductase with substitutions of leucine 22. Kinetics, crystallography, and potential as selectable markers. 著者: Lewis, W.S. / Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Chunduru, S.K. / Spencer, H.T. / Appleman, J.R. / Blakley, R.L. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994 タイトル: Methotrexate-Resistant Variants of Human Dihydrofolate Reductase: Effects of Phe-31 Substitutions 著者: Chunduru, S.K. / Cody, V. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Appleman, J.R. / Blakley, R.L. #2: ジャーナル: Anti-Cancer Drug Des. / 年: 1992 タイトル: Crystal Structure Determination at 2.3 Angstroms of Recombinant Human Dihydrofolate Reductase Ternary Complex with Nadph and Methotrexate-Gamma-Tetrazole 著者: Cody, V. / Luft, J.R. / Ciszak, E. / Kalman, T.I. / Freisheim, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dlr.cif.gz | 54.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dlr.ent.gz | 38.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dlr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/1dlr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/1dlr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 66 2: THE PEPTIDE BOND LINKING GLY 116 TO GLY 117 IS IN THE CIS CONFORMATION. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21383.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POTENTIAL 参照: UniProt: P00374, ジヒドロ葉酸レダクターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-NDP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MXA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→8 Å / Num. obs: 10046 / % possible obs: 67 % |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROFFT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.167 / 最高解像度: 2.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
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拘束条件 |
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