+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1djy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C-DELTA1 FROM RAT COMPLEXED WITH INOSITOL-2,4,5-TRISPHOSPHATE | ||||||
要素 | PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C, ISOZYME DELTA1 | ||||||
キーワード | LIPID DEGRADATION / PHOSPHORIC DIESTER HYDROLASE (ホスホジエステラーゼ) / HYDROLASE (加水分解酵素) / TRANSDUCER (トランスデューサー) / CALCIUM-BINDING / PHOSPHOLIPASE C (ホスホリパーゼC) / PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / response to prostaglandin F / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol phosphate binding / phosphoinositide phospholipase C / positive regulation of norepinephrine secretion / phosphatidylinositol metabolic process / response to aluminum ion / phosphatidylinositol phospholipase C activity / phosphatidic acid binding ...Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / response to prostaglandin F / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol phosphate binding / phosphoinositide phospholipase C / positive regulation of norepinephrine secretion / phosphatidylinositol metabolic process / response to aluminum ion / phosphatidylinositol phospholipase C activity / phosphatidic acid binding / phospholipase C activity / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylinositol-mediated signaling / GTPase activating protein binding / labyrinthine layer blood vessel development / response to hyperoxia / lipid catabolic process / release of sequestered calcium ion into cytosol / response to organonitrogen compound / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / regulation of cytosolic calcium ion concentration / ミトコンドリア / phospholipid binding / response to peptide hormone / response to calcium ion / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / 血管新生 / G protein-coupled receptor signaling pathway / calcium ion binding / enzyme binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Essen, L.-O. / Perisic, O. / Williams, R.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Structural mapping of the catalytic mechanism for a mammalian phosphoinositide-specific phospholipase C. 著者: Essen, L.O. / Perisic, O. / Katan, M. / Wu, Y. / Roberts, M.F. / Williams, R.L. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1996 タイトル: Crystal Structure of a Mammalian Phosphoinositide-Specific Phospholipase C Delta 著者: Essen, L.O. / Perisic, O. / Cheung, R. / Katan, M. / Williams, R.L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1djy.cif.gz | 233.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1djy.ent.gz | 189.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1djy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/1djy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/1djy | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70574.516 Da / 分子数: 2 / 変異: DELTA(1-132) DELETION VARIANT / 由来タイプ: 組換発現 詳細: CATALYTICALLY-ACTIVE DELETION VARIANT THAT LACKS AN N-TERMINAL PH DOMAIN, COMPLEXED WITH INOSITOL-2,4,5-TRISPHOSPHATE 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: CDNA FRAGMENT / プラスミド: PGEX (PHARMACIA) / 遺伝子 (発現宿主): CDNA FRAGMENT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10688, phosphoinositide phospholipase C #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: DATA COLLECTED AT 100 K FROM SINGLE FROZEN CRYSTAL. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 温度: 12 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.988 |
---|---|
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月28日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.988 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 59742 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 37 Å / Num. measured all: 396081 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.364 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 1ISD 1isd 解像度: 2.8→10 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|